Com la resta d'esglésies de la Vall de Boí, la de Sant Climent de Taüll fou objecte de la venda i bescanvi l'any 1064 pels comtes de Pallars Sobirà, Artau I i la seva muller Llúcia de la Marca, als comtes de Pallars Jussà, Ramon V i la seva dona Valença de Tost, juntament amb el castell d'Erill i altres possessions.

El primer esment específic de l'església és del 1123: el 10 de desembre fou consagrada per Sant Ramon, bisbe de Roda,[1] just un dia abans de consagrar Santa Maria de Taüll, església amb la qual compartí parroquialitat durant gairebé tota l'edat mitjana. Encara cal comptar una tercera església, a Taüll: Sant Martí, La data de consagració de Sant Climent de Taüll es va conservar en una pintura mural romànica a l'interior mateix de l'església.

De tota manera, Sant Climent sembla l'intent, fallit, dels senyors d'Erill d'establir un nucli monàstic a la vall.

A la baixa edat mitjana, i pel fet de pertànyer al comte de Pallars, la Vall de Boí passà al bisbat d'Urgell, on gaudia d'un règim especial, ja que el conjunt de parròquies era regit per un conjunt de co-rectors, que arribaren a ser vuit en algunes èpoques. Aquests co-rectors havien de ser fills de la Vall de Boí; el santuari de Caldes de Boí exercia de centre coordinador de les parròquies de la vall.

El 5 de setembre de 1907 va ser un dels llocs per on va passar la Missió arqueològico-jurídica a la ratlla d'Aragó, organitzada per l'IEC amb la missió de protegir el patrimoni artístic català. L'equip estava format per Josep Puig i Cadafalch, Guillem Marià Brocà, Josep Gudiol, Josep M. Goday i Adolf Mas.[2]