San Miniato va ser el primer màrtir de la ciutat. Probablement era un mercader grec, o un príncep armeni en peregrinació a Roma. Es compta que, arribat a Florència entorn de l'any 250, va començar una vida d'ermità, i que va ser decapitat durant la persecució anticristiana de l'emperador Deci. Diu la llegenda que, poc després de la seva execució, va marxar portant a la mà el cap tallat i va tornar a la seva cova d'ermità, al lloc on actualment s'erigeix la basílica, en el Mons Fiorentinus. El segle viii es va aixecar una capella. La construcció de l'actual es va iniciar el 1013 sota els auspicis del bisbe Alibrando. Va començar sent un monestir benedictí, i el 1373 va passar a l'ordre cluniaciense, que l'habita fins als nostres dies.