El Calafate sorgeix en les primeres dècades del segle xx. Al principi, no era més que un punt d'aprovisionament dels transports de llana, realitzats en carreta, des de les estances de la regió.

Va ser fundada oficialment el 1927 pel govern argentí, a fi de consolidar el poblament de la regió.

No obstant això, seria l'Administració de Parcs Nacionals la responsable de consolidar la localitat. El 1943 comencen les obres de construcció de la intendència del Parc Nacional Los Glaciares (acabades el 1946). En aquell temps la localitat comptava amb prou feines amb uns cent habitants permanents. Durant molts anys, Parcs Nacionals va ser la institució més important de la localitat, portant l'electricitat, inaugurant el primer cinema, obrint camins, construint ponts, gestionant la primera estació del poble, entre altres infraestructures.

La inauguració del gasoducte boleadoras-El Calafate de 60 km d'extensió, i l'asfaltat de la ruta que uneix la localitat amb la glacera Perito Moreno, de 80 km de llarg, són les obres més rellevants dels últims anys.