Fa uns deu mil·lennis, grups de caçadors recol·lectors aprofitaven els ambients costaners i els seus variats recursos com aus, rosegadors, camèlids, mol·luscs i llops marins. Els grups tehuelches, descendents dels primers pobladors, van ampliar l'ús del territori, desenvolupant un major intercanvi amb grups més allunyats. L'arribada de l'humà blanc va ser motiu de grans modificacions en les poblacions originàries. La gradual dependència de productes d'intercanvi i la pèrdua de territori va provocar la migració cap a l'oest de la província i la incorporació a tasques rurals.

A principi de 1876, durant la presidència de Nicolàs Avellaneda i malgrat els litigis amb la veïna República de Xile, es van atorgar a la ciutat de Buenos Aires autoritzacions per a l'explotació de guano en aquest lloc situat a 35 km al sud del riu Santa Cruz, en el cabal del qual estava radicat, a l'illa Pavón, el comandant argentí Luis Piedrabuena des de 1859. D'aquesta forma, es va fundar un petit caseriu estable per a les feines i a l'abril del citat any, arribaria la notícia davant el governador xilè de Punta Arenas, Diego Dublé Almeyda, que enviaria la canonera «Magallanes», fent presonera la barca francesa «Jeanne-Amelie», que tenia permís argentí i que s'enfonsaria quan entrava a l'estret el 27, empitjorant encara més la situació binacional.[1]

El perit Francisco P. Moreno (impulsor del sistema de parcs nacionals de l'Argentina) va visitar l'àrea a finals del segle xix, i també ho farien Carlos Ameghino i el pare Alberto De Agostini.

La finca Monte León va pertànyer a la firma The Southern Patagonia Sheep Farming Company Limited. Aquesta gran explotació ovina es va vendre, el 1920, a la família Braun, que va continuar amb aquesta activitat fins a 2006. L'extracció de guano va ser important fins a 1930.[2]

El 1996 es proposa la inclusió de Monte León en el Sistema de Parcs Nacionals de l'Argentina.

Francisco Erize, exdirector de l'Administració Nacional de Parcs de l'Argentina, va recomanar el projecte a Douglas Tompkins, un ecologista i empresari multimilionari nord-americà, director de l'ONG conservacionista The Conservation Land Trust.

L'any 2000, a través de l'ONG Conservación Patagónica —dirigida per la seva esposa Kristine Tompkins— s'adquireixen les terres, fins aleshores destinades a la cria d'ovins, i es traspassen a la Fundació Vida Silvestre Argentina mitjançant un fideïcomís, però amb la imposició que el títol de propietat d'aquestes sigui transferit a l'Administració Nacional de Parcs Nacionals d'aquest país, perquè la destinació final de l'àrea sigui integrar el sistema federal d'àrees protegides de l'Argentina.[3]

L'any 2002, les terres que componen l'àrea protegida són lliurades en donació a l'Estat Nacional de l'Argentina per la Fundació Vida Silvestre Argentina. El 20 d'octubre de 2004 se sanciona la llei de creació del nou parc nacional, passant així a jurisdicció federal, aconseguint ser el primer parc marí continental de l'Argentina.[4]