Dunes prop de Nefta Decorat de La guerra de les galàxies

S'hi han trobat restes del neolític i la zona fou de poblament líbic. Va quedar dins el Regne de Numídia fins que l'any 38 fou annexionada a Roma sota el govern de Seplus Vibilià. Fou una posició avançada romana que tenia el nom de Nepte o Aggarsel-Nepte i servia d'escala en la ruta entre Tusoros (Tozeur) i Aquae (al-Hamma). Una presa a l'oued Nafta ja presenta restes romanes i no hi ha indicis que deixés d'ocupar-se.

Va ser després dels vàndals i dels bizantins, fins al 686, que la dominà Uqba ibn Nafi. La població antiga va quedar engolida per l'arena i una nova ciutat es va construir el 690 i es va dir Zaafrana (que vol dir ‘safrà’).

De Nefta va sortir-ne Tàriq ibn Ziyad amb dotze mil amazics per tal d'ajudar un partit visigot contra un altre bàndol en la lluita civil que tenia lloc al Regne de Toledo. El 833, hi va entrar Sufyan ibn Suda. El 944, es va convertir en un centre dels kharigites i ibadites, després que haguessin estat foragitats d'altres llocs. Els cristians hi van viure fins al 1050 (Ibn Khaldun afirma que fou fins al segle xiv).

El 1301, s'hi van construir els mausoleus de Sidi Bou Ali i Sidi Nsir. Amb l'arribada dels hilàlides, es va formar un consell local de notables, presidit per la influent família dels Banu Khalaf (segle xiv).

Va passar als otomans al segle xvi i, sota els beis, fou una regió bastant oblidada fins al segle xix. El 1881, va passar a domini francès. El 1943, Rommel va acampar a Nefta. Després de la guerra, es va instal·lar aigua i electricitat a les cases. Entre 1936 i 1975, la població va disminuir: passà de 13.500 en la primera data a 12.500 en la segona (amb el mínim d'11.500 el 1966). L'obertura de l'aeroport internacional a Tozeur i l'afluència del turisme va fer activar el poblament als anys vuitanta i va arribar a 15.000 habitants el 1984, tot i que el creixement era inferior a la mitjana.