La història del monestir està fortament connectada al Mestre Lama Tsongkhapa (1357-1419), el fundador de l'orde Gelug, venerat i gran savi guru en les escriptures budistes. Sota la seva divina tutela el seu deixeble Jetsun Kunkhen Lodroe Rinchen Senge va establir el complex del monestir Sera Jey a principis del segle xv. Kunkhyen Lodroe Rinchen Senge va servir inicialment com a mestre en el monestir Drepung abans que es construís Sera Jey. La llegenda religiosa narrava com el lloc va ser escollit a causa d'una visió que Tsongkhapa va tenir, on va veure el text complet dels 20 shlokes del Prajnaparamita en el Shunyata, projectat en el cel. Aquest encanteri psíquic li va donar una nova perspectiva del text Tsawasehrab (Fonaments de Madhyamika o Shunyata). Només 12 anys més tard un dels seus pupils, Jamchen Choje, va complir la profecia del seu guru en establir el Sera Je com un centre d'aprenentatge del coneixement dels ensenyaments complets i les pràctiques de la tradició Mahayana.[1]

Providencialment, el rei Nedong Dagpa Gyaltsen va brindar el seu suport econòmic a l'empresa i també, el 1419, va participar en la cerimònia de la fundació de la construcció del monestir. Més detalls pel que fa al desenvolupament de l'edifici incloent la instal·lació d'imatges/ídols sagrats i altres objectes de reverència es van completar d'acord amb els desitjos suprems del Gran Lama Tsongkhapa. El monestir aviat fou conegut com la Plaça de Theckchen ling (Tradició Mahayana). Una altra versió per al nom 'Sera' que es va convertir en un prefix per a 'Monestir' és a causa de la seva localització, envoltat d'arbustos de gerds anomenats 'Sewa' en tibetà, que formaven una mena de 'Rawa' (tanca).[1]

   

Esquerra: monestir de Sera a l'Índia. Dreta: La sessió de debat a Bylakuppe durant l'hivern, una pràctica heretada del Sera del Tibet

El 14° Dalai-lama va fugir a l'Índia el 1959 i va cercar asil al país. Durant el mes de març del mateix any, el monestir Sera Jey va ser destruït per un bombardeig on van resultar morts centenars de monjos (el 1959, la quantitat de monjos que vivien a Sera Jey era de 5.629) a part de la destrucció d'antics textos i la pèrdua d'innombrables, inavaluables i antigues obres d'art. Molts dels que van sobreviure (monjos i civils) aquest atac per part dels xinesos van fugir a l'Índia sota severes condicions climàtiques, ja que era hivern, a través dels Himàlaies. Després d'aquest èxode massiu de persones del Tibet incloent a centenars de lames, monjos i geshes de Sera Jey, quan van arribar a l'Índia es van restablir a Bylakuppe, prop de Mysore, com un establiment exclusiu dels tibetans amb assistència remesa pel govern de l'Índia. Va ser el 1970 que el grup de 197 monjos Sera Jey amb 103 monjos Sera Mey va establir un monestir especial amb la població de Bylakuppe com a contrapart del monestir tibetà Sera Jey. Com cap dels monjos de Ngagpa Dratsang (Col·legi tàntric) havia sobreviscut la invasió, només el Col·legi Sera Mey i el Col·legi Sera Jey es van tornar a formar a l'Índia. El monestir Bylakuppe té prop de 5.000 monjos budistes d'entre els quals hi ha diversos migrats i molts altres tibetans que no van néixer en la seva pàtria ancestral.[1][2]

Amb terrenys forestals assignats pel govern de l'Índia, dues branques del monestir Sera, que representen els monjos migrats dels col·legis tibetans Sera Je i Sera Se es van establir; 193 monjos Sera Je van obtenir 59,80 hectàrees i 107 monjos Sera Me van obtenir una assignació de l'àrea balancejada. A més, es van construir 38 habitatges amb permisos del govern de l'Índia, per als monjos, per residir i seguir la seva vocació d'acònits en conjunt en llaurar la terra assignada per conrear menjar per a la seva supervivència. Ben establert com un monestir organitzat gràcies als esforços dels monjos, es va completar el 1978 un Saló d'Assemblea de Resar, que podia acomodar 1.500 monjos. Aquest monestir és avui dia el monestir nodal amb la seva afiliació a diversos monestirs més petits escampats al voltant de diverses regions del Tibet; la seva popularitat es pot mesurar amb els 3.000 o més monjos que hi viuen. Encoratjats per l'èxit i notant la pressió de la infraestructura existent, en addició es va construir un Saló d'Assemblea molt més gran que pot acomodar 3.500 monjos. Amb aquest desenvolupament, Sera ara té dues facetes, l'original «Sera tibetà» i Bylakuppe el «nou Sera» de la «diàspora tibetana» amb la seva contrapart, els monestirs Jé i Mé, i amb el Col·legi Ngakpa afegit com una altra contrapart. La comunitat Sera-Índia del monestir Bylakuppe s'ha tornat global amb la seva activitat missionera en establir centres en molts indrets del món, per tal d'eliminar l'aïllament cultural d'abans del 1959 del Tibet.[1][3]

El monestir Sera del Tibet, que podia allotjar més de 5.000 monjos el 1959, a pesar que va acabar amb molts danys després de la invasió del Tibet i de la Revolució de 1959, es manté funcional després de la seva restauració. En el 2011, segons fonts locals, hi havia prop de 3.000 monjos. La raó per aquest declini s'atribueix als disturbis tibetans de 2008.[1][3]