La ciutat, actualment coneguda com "El pujol Il·luminat dels Andes" ("La Colina Iluminada de los Andes"), és el segon municipi més antic del departament. En l'època precolombina, el territori on es troba la Filandia moderna va ser ocupat per pobles indígenes de la tribu quimbaya, que no sols practicaven l'agricultura sinó que també van destacar per la metal·lúrgia, particularment en or i tumbaga, un aliatge d'or i coure. El nom Filandia ve de "Filia" (filla), "Andia" (Andes); Filandia, filla dels Andes. Els quimbaians van començar a disminuir en nombre després de l'arribada dels espanyols en el segle XVI. S'estima que Filandia juntament amb la majoria dels territoris del Quindío van estar deshabitats per prop de 200 anys fins a la "Colonizacion Antioqueña" en el segle XIX.

Es pensa que per a 1870 colons del departament d'Antioquia en el nord-oest de Colòmbia ja estaven establerts en el que és avui Filandia. El 20 d'agost de 1878, Filandia va ser fundada per Felipe Melendez, Eliseo Buitrago, i altres. Els antioquens van arribar al Quindío atrets pels rumors de dipòsits massius d'or i maragda en la zona.

En els primers anys del segle xx, Filandia era una comunitat pròspera: el comerç i la indústria havien crescut fins al punt que en 1900 s'estimava que hi havia 250.000 arbustos de cafè a Filandia. Com a resposta a l'augment de la producció de cafè, es van crear moltes plantes processadores i així va néixer la cultura del cafè sinònim de la ciutat.

El 1930, no obstant això, Filandia estava en declivi. El camí que els primers pobladors van fer servir per a poblar el poble va perdre la seva importància a causa de la construcció d'una carretera a l'est que connecta la capital de Risaralda i la capital del Quindío, aïllant el poble i proporcionant una ruta alternativa més directa als béns i serveis que abans estaven obligats a passar per Filandia.