Tots els escriptors antics la presenten com a ciutat grega i colònia de Cumes (Cumae). Seymnus Chius diu que fou fundada per la predicció d'un oracle; Estrabó diu que fou colònia de Cumes, però que també rebé un grup de colons de Calcis i Atenes i algunes de les illes properes i que per això es deia «Nova ciutat» (Neàpolis). Eustatius, nadiu de la ciutat, també parla del seu origen calcídid, però probablement es refereix al fet que Cumes era colònia calcídica. A la rodalia hi havia una ciutat dita Palaepolis (Vella ciutat) i abans Partènope (Parthenope), cosa que indicaria que era un establiment anterior, però en tot cas les relacions entre ciutats no són clares i Palaepolis no és esmentada per cap autor grec.

Philargyrius esmenta l'historiador Lutaci com a font d'una història segons la qual Cumes hauria fundat una colònia que després s'abandonà per la circumstància d'un eclipsi vist com a mal auguri, i que un oracle ordenà de reconstruir la ciutat i donar-li el nom de nova ciutat (i per tant la vella ciutat n'hauria agafat el nom en relació a la nova, i no al revés). Palaepolis és esmentada per Esteve de Bizanci amb el nom de Parthenope, com a ciutat d'Opícia (Campània) i per Estrabó com a colònia ròdia. La situació de Palaepolis no és indicada, però no era lluny de Neàpolis.

Livi diu que la ciutat vella va subsistir, fou sobrepassada per la riquesa de la nova, però no va desaparèixer.

Les dues ciutats van caure sota domini dels samnites, com tota la Campània. Palaepolis atacà algun cop els campanis, aliats de Roma, i Roma li declarà la guerra. La ciutat admeté 2.000 soldats de Nola i 4.000 samnites. El cònsol Publilius Philo ocupà una posició entre Palaepolis i Neapolis i tallà les comunicacions entre ambdues i amb els samnites. Palaepolis se sotmeté a Roma al cap d'un any per decisió dels caps locals Charilaus i Nymphius, i Neàpolis fou capturada més tard[1] i foren admeses en la pau en termes favorables i les seves llibertats garantides per tractat.

Després d'això Palaepolis desaparegué de la història i Neàpolis no parà de créixer. Nominalment Neàpolis fou una foederata civitas, però en la pràctica estava sota domini romà. El tracte que rebia la ciutat era tan bo que quan totes les ciutats d'Itàlia obtingueren la ciutadania romana, després de molta lluita, Neàpolis no la volia acceptar.

El 280 aC quan Pirros s'acostà a Neàpolis, la ciutat no trencà la seva lleialtat i Pirros s'hagué de retirar; i en la Segona Guerra Púnica, tot i que el seu territori fou assolat, la ciutat romangué en mans dels romans i continuà sent-los una fidel aliada. A partir de l'obtenció de la ciutadania, amb la llei Júlia, esdevingué una ciutat municipal ordinària, però no per això va perdre importància ni prosperitat.

La seva població continuava sent totalment grega. Això afavorí que els romans rics la triessin com a residència secundària o per fer-hi estudiar els fills. El 82 aC la guerra civil entre Gai Mari i Sul·la comportà una matança a la ciutat per un exèrcit de Sul·la, que hi havia entrat a traïció; però se'n recuperà aviat. Sota l'imperi mantingué un bon nivell de prosperitat i hi apareixen inscripcions amb el títol de colònia, que no se sap de segur quan obtingué, si bé segons Petroni fou en temps de Claudi o de Titus, o dels Antonins.[2]

Eren possessió de Neàpolis les illes Capreae (Capri) i Aenaria (Ischia), però la segona li fou arrabassada no se sap ben bé quan, probablement en el moment de la submissió, i Capri se l'annexionà l'imperi en temps d'August a canvi del retorn d'Aenaria.

Fou a Nàpols, al Castel dell'Ovo (o castell de l'Ou), on Ròmul Augústul, l'últim emperador de l'Imperi romà d'Occident, fou empresonat després de ser-ne destituït l'any 476.

Va passar als ostrogots sense lluita i fou conquerida per Belisari, el 536, després d'un llarg setge, i part dels habitants foren executats; Tòtila la reconquerí el 542, però Narsès no tardà a recuperar-la, i des de llavors fou seu d'un dux romà d'Orient depenent de l'exarca de Ravenna. Encara era una ciutat important al segle viii, quan esdevingué de fet ducat independent, posició que conservà fins a la conquesta normanda el 1140.

Els seus edificis, museus i, fins i tot, el seu idioma estan marcats per tots els períodes de la història, des de la fundació grega fins a l'actualitat.

 Imatge romàntica del Castel dell'Ovo des de la platja El Castel Nuovo, amb l'arc de triomf d'Alfons el Magnànim El Palau Reial i la Piazza Plebiscito

Frederic II Hohenstaufen fundà la Universitat de Nàpols el 1224. El 1266, el papa Climent IV va assignar Nàpols i el Regne de Sicília a Carles d'Anjou, que en desplaçà la capital de Palerm a Nàpols. El 1284, el regne es dividí en dos, i s'atorgaren tots dos el nom de Regne de Sicília. Les dues parts eren separades fins al 1816, any en què formaren el Regne de les Dues Sicílies. Estigué sota dominació de la corona catalanoaragonesa a partir del setge de 1437 - 1442; el 2 de juny de 1442 Alfons el Magnànim guanyà tots els seus enemics: la República de Florència, la República de Venècia, el Papat, i els partidaris angevins a Nàpols.[3] Carles V l'heretà el 1516 (en virtut del tractat de Granada, signat el 1500 entre Ferran el Catòlic i Lluís XII de França per repartir-se el Regne de Nàpols) i passà als Habsburg espanyols, fins al 1715, any en què Nàpols passà a ser austríaca, fins al 1734. Sota el regnat del monarca Carles de Borbó, rei de les Dues Sicílies (Utriusque Siciliarum), conegut més endavant com a Carles III d'Aragó, aconseguiren la independència.

L'any 1799, una revolució jacobina (amb el suport de l'exèrcit francès) originà la República Partenopea, que durà ben poc: de gener a juny del mateix any.

A Nàpols trobem el Teatro San Carlo, el teatre d'òpera més antic d'Europa, que tingué una frenètica activitat fins almenys el 1861, quan el regne fou conquerit pels garibaldins i lliurat al rei de Sardenya. L'octubre del 1860, un plebiscit significà la fi del Regne de Sicília i el naixement de l'estat italià.

La inauguració del funicular al Vesuvi donà lloc a la famosa cançó Funiculì Funiculà, una més dins de la llarga tradició de la cançó napolitana. Fora d'Itàlia hi ha moltes cançons napolitanes ben conegudes, com ara 'O Sole Mio, Santa Lucia i Torna a Surriento.

El 7 d'abril de 1906, el Vesuvi, que s'alça prop de la ciutat, entrà en erupció: destruí Boscotrecase i causà danys seriosos a Ottaviano. El 1944, fou l'última erupció fins ara d'aquest volcà, espectacular i devastadora. Les imatges d'aquesta darrera erupció es feren servir en la pel·lícula La guerra dels mons.