El 1992, després d'un referèndum d'independència,[1] Bòsnia i Hercegovina es fa independent de la Iugoslàvia. Després de la signatura dels Acords de Dayton, es creà un país federal. Aquest estat quedà distribuït en dues regions autònomes, la Federació de Bòsnia i Hercegovina, de majoria bosníaca i croata, i la República Srpska, de majoria sèrbia. El territori nacional quedà sota control militar de la Força d'Implementació (l'IFOR) una milícia internacional de l'OTAN.

L'IFOR, va ser succeït ben entrat el 1998 per un exèrcit menor d'uns 14.000 soldats anomenat SFOR (Forces d'Estabilització), la missió del qual era impedir la represa de les hostilitats pels tres grups ètnics (Bosníacs, Serbobosnis, Bosniocroats).

El 2004 les Forces d'Estabilització foren substituïdes per altres de l'Estat Major de la Unió Europea, l'EUFOR Althea (de 7.000 soldats), que a més de tindre tropes d'estats de la Unió Europea en té del Canadà i dels Estats Units. Les principals finalitats del desplegament europeu de tropes són les d'estabilitat del país, l'anul·lació de possibles hostilitats, la lluita contra el crim organitzat i a trobar els criminals de guerra com Radovan Karadzic i Ratko Mladic, generals de l'Exèrcit de la República Sèrbia. El primer fou detingut el 21 de juliol de 2008 a Belgrad, i l'últim el 26 de maig de 2011.

Al llarg del segle xxi s'han trobat fosses comunes arreu del territori bosnià, i aquest fet provoca que les ferides de la guerra continuen sagnant. Per aquest motiu, i gràcies a la mort de Franjo Tuđman (expresident de Croàcia i mort el 1999) i de Slobodan Milošević (expresident de Sèrbia i mort el 2006), els governs d'aquests dos països demanaren disculpes pels atacs i crims de guerra comesos als bosníacs.

Pel que fa al camp polític, Bòsnia i Hercegovina celebrà les primeres eleccions democràtiques després de la guerra el 14 de setembre de 1996. La nació bosniana, escollí a Alija Izetbegović, Krešimir Zubak i Momčilo Krajišnik com a membres del Consell de Govern de Bòsnia i Hercegovina amb una participació de 2.311.998 persones. Cada quatre anys tornen a realitzar-se noves eleccions.

En referència a l'esfera econòmica, l'economia bosniana està transformant-se cap al sistema de mercat, ja que encara hi queden vestigis de l'economia socialista iugoslava, l'anomenat socialisme de mercat. No obstant això, el creixement econòmic que s'estancà per l'aïllament exterior en finalitzar la guerra, ha començat a remuntar gràcies al desenvolupament del turisme i de la indústria.

Finalment, pel que fa a l'àmbit cultural, el President de la Comissió Europea Romano Prodi presentà, el 2004, el Pla de Rehabilitació Integral del Patrimoni Arqueològic de Bòsnia i Hercegovina, que lluita (també actualment) per la preservació i conservació de més de 20 grans construccions històriques que foren destruïdes durant la guerra i també per la recopilació de nous documents per tornar-hi a omplir les buides prestatgeries de les biblioteques i museus, que foren cremats en la seua majoria. Potser l'obra més significativa ja restaurada és el Pont Vell de Mostar que s'acabà de reconstruir el 2006.