El primer assentament humà data probablement del segle iv; tot i això, no hi ha proves que hi hagués presència humana abans de la nostra era. Els avantpassats dels actuals malgaixos van arribar des d'Indonèsia, i per això els habitants de l'illa conserven trets asiàtics, costums típics del sud-est d'Àsia i una llengua de la branca malaisiopolinesi. Amb ells també van arribar-hi els seus animals, entre els quals destaca el zebú, i poc després de la seva arribada es van extingir diversos animals endèmics de l'illa, com el lèmur gegant, el porc formiguer de Madagascar i un hipopòtam pigmeu similar al que es troba actualment a l'Àfrica Occidental.

Posteriorment, hi va haver migracions bantus des del continent que es van integrar en la població local, sobretot a la part est de l'illa. A començament de l'edat mitjana van arribar els primers comerciants perses i cap a l'any 1000, els àrabs. Un dels resultats de la seva estada és el fet que a la part nord de l'illa es practica actualment l'islam.

Durant els dos segles següents, Portugal, Espanya, el Regne Unit i França van provar d'instal·lar-se a la costa, però foren expulsats per la resistència dels nadius, que a la fi del segle xvii s'havien unificat sota el Regne d'Imerina, amb el centre a l'altiplà.

Tanmateix, la població nadiua va patir, com molts pobles africans, el comerç d'esclaus. Així, a tall d'exemple, esclaus malgaixos van ser portats per europeus al Virregnat del Perú, instal·lats principalment a la costa nord d'aquest país en una zona coneguda com a Piura.

Actualment al Perú, descendents d'aquells esclaus són coneguts com a "mangaches" per una corrupció de l'idioma amb el temps. Fins i tot, hi ha al Perú un lloc batejat com "Hisenda Malakasy", que data de l'època en què els malgaixos van ser explotats en el conreu del camp i que evoca el nom del seu país d'origen, però pronunciat en la seva pròpia llengua. Aquests descendents dels malgaixos conserven encara en molts casos els trets afroindonesos originaris. La seva imbricació amb el Perú va ser tan forta que van contribuir a la cultura d'aquest país creant formes musicals com el tondero i, fins i tot, van tenir influència en el camp polític, ja que l'expresident peruà Luis Miguel Sánchez Cerro, que va governar en el tercer decenni del segle xx, era un "mangache".

Finalment, els francesos van arribar a construir bases comercials a les costes malgaixes, alguna vegada forçadament i d'altres diplomàticament, a la fi del segle xviii. Durant les guerres napoleòniques, el rei Radama I d'Imerina es va posar a favor dels britànics, que van augmentar la seva influència a l'illa a costa dels francesos i van entrenar els nadius en l'ús d'armes modernes. No obstant això, després de la mort de Radama I -el 1828- es van perseguir els britànics, incloent-hi els missioners. Durant el regnat de Radama II (1861-1863) es van introduir una sèrie de reformes modernes i Madagascar es va obrir al contacte amb els francesos i els britànics, la qual cosa va causar que els sectors més tradicionalistes matessin al rei i retiressin els canvis. França va aconseguir annexionar l'illa per complet el 1895, després de derrotar la reina Ranavalona III. Aquesta s'exilià un any després, mentre s'instituïa un mandat militar francès i Madagascar era proclamada colònia francesa.[cal citació]

Ja el 1916, els francesos van tenir problemes amb les organitzacions secretes nacionalistes, però van aconseguir mantenir el seu ordre. França només va perdre el control de l'illa durant el 1942, quan els britànics la van ocupar durant la batalla de Madagascar per evitar que el Japó aconseguís usar els ports de Madagascar. El 1943va ser lliurada a la França Lliure i el 1946 va deixar de ser colònia i es va convertir en territori d'ultramar francès. Això no va impedir que l'any següent esclatés una revolta que va forçar França a convocar eleccions a l'illa, que van guanyar els independentistes moderats. El 1960 Madagascar s'independitzà totalment de França i es va instituir una república sota el govern de Philibert Tsiranana, líder del Partit Socialdemòcrata.[cal citació]

El 1975 hi va haver un cop d'estat militar que va posar el govern en mans del capità de fragata Didier Ratsiraka, que va governar amb puny de ferro fins que l'any 1992 les pressions populars van obligar a designar un govern de transició a la democràcia. Ratsiraka va ser derrotat en les eleccions presidencials del 1993 per Albert Zafy, però va guanyar-ne les legislatives que es van celebrar simultàniament. La situació de tensió entre els partidaris de Ratsiraka i el govern de Zafy va portar a la destitució d'aquest últim pel parlament el 1996, substituït per Norbert Ratsirahonana. Aquest era un col·laborador proper de Zafy que va governar sota la seva ombra fins a les eleccions del 1997, en les quals Ratsiraka es va apoderar novament del poder.

Didier Ratsiraka conservaria el poder fins a les eleccions presidencials de desembre del 2001, quan després d'uns resultats controvertits, el seu rival, el fins llavors alcalde d'Antananarivo Marc Ravalomanana, es va declarar guanyador per majoria absoluta de la primera volta de les eleccions, i acusà de frau al govern, que havia publicat uns resultats que en feien necessària una segona volta.

La tensió de la primera meitat de l'any 2002 va arribar a amenaçar amb la possibilitat d'una guerra civil. La societat i el mateix exèrcit malgaix es van dividir en dues, amb la capital Antananarivo convertida a favor de Ravalomanana, mentre Ratsiraka dirigia un govern a la ciutat costanera de Toamasina. La comunitat internacional va fer diverses crides al diàleg i a la calma. Ravalomanana va aconseguir consolidar el seu poder, mentre Ratsiraka anava perdent suport. El juny de 2002, alguns països com els Estats Units, Suïssa i Noruega reconeixien ja el govern de Ravalomanana. Altres estats europeus van esperar la decisió final de França que, a principis de juliol, ja es dirigia públicament a Ravalomanana com a «president de Madagascar». El reconeixement internacional va confirmar el poder de Ravalomanana; Ratsiraka va fugir finalment del país, i es refugià a França.

Des de la consolidació del poder per part de Marc Ravalomanana, el país ha aconseguit assolir unes cotes molt altes de creixement econòmic, recolzat per ajudes molt copioses d'institucions internacionals com el Banc Mundial.

El 16 de març del 2009, els militars de l'oposició al govern de Marc Ravalomanana van prendre diferents edificis estatals com el Banc Central. L'endemà el president de la república va dimitir i va cedir el control a l'almirall Hyppolite Ramaroson. Tanmateix, la major part de la cúpula militar va donar suport a Andry Rajoelina, per la qual cosa aquest últim s'autoproclamà "líder de transició".

Malgrat que els governs estrangers van evitar legitimar aquest canvi de poder, la Cort Constitucional va reconèixer l'ordre de traspàs de poders del directori militar, segons un document obtingut per agències de notícies internacionals.

El 21 de novembre de 2014, l'Organització Mundial de la Salut (OMS)[1] fa públic un avís d'epidèmia de pesta davant la mort de 40 persones, una d'elles a la capital, Antananarivo, des que aquesta es va documentar a la fi d'agost de 2014.[2]