La conquesta de Terra Santa el 1099 donà a conèixer nous models artístics. Un dels més impressionants fou la Basílica del Sant Sepulcre de Jerusalem. El rei de Jerusalem, Balduí II, en nomenà guardiana l'Orde del Temple. El mateix rei demanà Bernat de Claravall que redactés les regles de l'Orde. Els templers l'adoptarien a occident com a model arquitectònic del qual, la famosa església circular (girola) de Tomar és avui el millor exemple que es conserva.

Gràcies a la declaració papal dient que la reconquesta cristiana de la Península tindria el mateix valor que l'alliberament dels Llocs Sants, ja el 1128 els templers operaven a Portugal. Alfons Henriques els va donar les rendes eclesiàstiques de Santarém (1147), canviades després pel Castell de Cera i els seus territoris (1159). Dos anys abans el primer Gran-Mestre portuguès, Pedro Arnaldo, morí en combat a Alcácer do Sal.

El succeí Gualdim Pais que ordenà construir una fortalesa en la millor posició estratègica en relació al Tajo, a Santarém i a la via romana. Escollí una de les 4 muntanyes elevades sobre la plana on tres rierols desembocaven al riu Nabão.

El castell dels Cavallers Templers de Tomar fou construït el 1160. S'aixecà utilitzant bona part de les pedres de la ciutat romana abandonada. El conjunt estava format, en un principi, per l'alambor i la torre de l'homenatge. Més tard, al mateix segle, el castell fou escollit com a seu de l'Orde dels Templers a Portugal. El castell de Tomar formava part del sistema defensiu creat pels Templers per tal d'assegurar la frontera del jove regne cristià contra els moros, la qual a l'època (mitjans del segle xii) corresponia, aproximadament, al riu Tajo.

La girola va ser construïda al tercer quart del segle xii. Diuen que els Templers participaven a cavall en les misses abans de partir cap a la batalla. Se situaven al voltant de l'altar central.

D'acord amb cròniques cristianes, el castell de Tomar va resistir el 1190 els atacs del califa Abu-Yússuf Yaqub al-Mansur, qui prèviament havia pres d'altres baluards del sud de Portugal. Una placa prop de l'entrada de l'església en recorda els fets.

Quan el papa promulgà l'extinció de l'Orde del Temple, fou suprimida a la major part d'Europa el 1312. El rei Dionís I proclamà la innocència dels Templers al seu regne i aconseguí del papa (1319) les butlles que creaven l'Orde de Crist i la transmissió de tots els membres i propietats i, en part, la vocació dels cavallers Templers. La seu de la nova orde seria Castro Marim, però el 1357 es traslladà a Tomar.

Un dels principals Grans-Mestres de l'orde va ser l'Infant Enric el Navegant, qui la va dirigir des del 1417 fins a la seva mort el 1460. Sota la seva administració es construïren els claustres gòtics (1430-1460) i el Paço do Infante. També va patrocinar millores urbanes a la ciutat de Tomar.

Una altra important personalitat relacionada amb l'Orde fou el rei Manuel I, qui en va esdevenir Gran-Mestre el 1484 i rei de Portugal el 1492. Sota el seu regnat hi hagué importants millores al Convent, especialment l'addició d'una nova nau rectangular a l'església circular i la seva decoració interior amb pintures i escultures.

Joan III reformà l'Orde de Crist segons una norma basada en la de Bernat de Claravall (1529) convertint-la en una congregació de clausura. Seguidament a aquesta reforma s'efectuen noves ampliacions amb la construcció d'un vast conjunt de dependències organitzades entorn de sis claustres entre 1531 i 1552.

El 1581, després de la crisi successòria, la noblesa portuguesa es reuní al Convent de Crist i reconegué oficialment Felip II d'Espanya (Felip I de Portugal) com a rei. Fou el principi de la Unió Ibèrica (1581-1640) durant la qual els regnes de Portugal i Espanya estigueren units. Felip I edifica la sagristia nova, obra d'estil manierista integrada a les obres de restauració del Claustre de Cementiri i conclogué el Claustre Principal. També efectuà la construcció de l'Aqueduto dos Pegões (Aqüeducte dels Contraforts).

El segle xix, després de l'extinció dels ordes religiosos a Portugal el 1834, es varen realitzar diverses reformes empreses pels seus propietaris privats que li feren perdre, en certa manera, la seva unitat.