És la primera obra plenament gòtica erigida a Portugal. El projecte es va iniciar el 1153, l'any de la mort de sant Bernat, la construcció d'aquest edifici tardà diversos segles en ésser conclosa, destacant el seu caràcter híbrid. La primera església, Alcobaça I, era de tipus Bernardí, mentre que Alcobaça II, construïda sobre els seus fonaments, sofrí la influència de Claravall III i, per tant, se la relaciona directament amb l'art coetani de Borgonya i el nord de França, sense guardar gaire afinitat amb les esglésies tradicionals de l'època.

La seva fundació està lligada a una llegenda. Segons aquesta, la seva construcció resta relacionada amb el compliment d'un vot realitzat pel primer Rei portuguès. Alfonso Enriques, a dalt de la Serra dos Albardos, al seu cosí Bernat, abat de Claravall. Segons aquesta, el rei hauria promès la donació a l'Orde del Cister de totes les terres que s'abastaven des del cim, en el cas de sortir victoriós de la batalla per la conquesta de Santarém, llavors ocupada pels àrabs.

Segons diu una altra llegenda, Alfonso Enriques, en retornar victoriós, llençà la seva llança, la qual va caure en les proximitats de Chiqueda, sent aquest, per tant, el lloc inicialment destinat a la construcció del monestir. Però, tanmateix, els àngels, per la nit, retiraren les fites, transportant-los fins a Alcobaça, on s'aixecà finalment el monestir cistercenc de Santa María. L'abadia rebé els primers monjos el 1223.