El 1402, 1402, Tamerlà va penetrar a Àsia Menor.. A Ankara infligeix una derrota desastrosa a les tropes otomanes del Sultà Baiazet I. Cavallers de l'Orde de l'Hospital (o cavallers de Rodes), van ser expulsats d'Esmirna per Tamerlà, que va aprofitar la desorganització després de la derrota turca per instal·lar-se en el lloc de l'antiga Halicarnàs, on va començar, segurament a partir de 1403, ampliació de la petita ciutadella .[1]

La construcció de l'anomenat "Castell de San Pere" va durar al voltant d'un segle. Una part de les pedres utilitzades, de color verdós, prové de l'antic Mausoleu d'Halicarnàs, que un terratrèmol havia destruït completament al segle xiv.

El 1482, el príncep otomà Cem Sultan, fill delSultà otomà Mehmet II i germà del Sultà Baiazet III, va trobar refugi temporal al castell, després del fracàs de la rebel·lió contra el seu germà. El Castell de San Pere fou lliurat als otomans en virtut de l'acord signat entre el gran mestre, Philippe Villiers de L'Isle-Adam, i Solimà I el Magnífic després de la rendició de Rodes, el 25 de desembre de 1522. El castell va acollir des d'aquest moment una guarnició simple, que va fer servir el castell com a presó.[2]