Ark, əsas qala arxasında iyirmi metr dərinlikdə bir qat təşkil edən əvvəlki quruluşların qalıqları üzərində qurulmuşdur, əvvəlki qalaların yerində tikildiyini və məhv edildiyini göstərən təbəqələr.

Gəmiyə ilk məlum istinad Narşaxinin (899–960) "Buxara tarixi" ndə yer alır . Abubakra " Buxara hökmdarı Bindu bu qalanı tikdi, lakin tezliklə dağıldı. Dəfələrlə tikilib, dəfələrlə dağıdılıb. " Abubakra deyir ki, yenidən qurmaq üçün son hökmdar müdriklərinin məsləhətlərini istəyəndə ona Ursa Major bürcünün ulduzları ilə bir-birlərinə eyni münasibətdə yerləşən yeddi nöqtə ətrafında qala tikməyi tövsiyə etdilər. Beləliklə tikilmiş, qala bir daha məhv edilməmişdir.[1]

Gəminin yaşı dəqiq müəyyən edilməmiş, lakin eramızın 500-cü ilinə qədər artıq yerli hökmdarların iqamətgahı olmuşdur. Burada qala sürətində əmirlər, onların baş vəzirləri, hərbi rəhbərlər və çox sayda qulluqçu yaşayırdılar.

Çingiz xanın əsgərləri Buxaranı ələ keçirəndə şəhər sakinləri Gəmiyə sığındılar, lakin işğalçılar müdafiəçiləri darmadağın etdilər və qalaya basqın etdilər.

Orta əsrlərdə qala Rudaki, Ferdowsi, Avicenna, Farabi daha sonra isə Ömər Xəyyam tərəfindən işlənmişdir. Burada da Avicenna yazdığı böyük bir kitabxana saxlanılırdı:

Rus Vətəndaş Müharibəsi zamanı 1920-ci il Buxara döyüşü zamanı gəmi Mixail Frunze komandanlığı altında Qırmızı Ordu qoşunları tərəfindən böyük ziyan gördü. Frunze, qurğunun böyük bir hissəsini xarabalığa qoyan gəmini təyyarələrlə bombalamağı əmr etdi. Kral xəzinəsi ilə Əfqanıstana qaçan son əmir Alim Xanın (1880–1944) gizli yerlərinin (xüsusən də haram) dağıdılmaması üçün gəminin partladılmasını bolşeviklərə əmr etməsinə də əsas var.