最晚在舊石器時代晚期，波黑地域已經有先民聚居，斯托拉茨巴丹吉洞穴古遺址距今超過一萬二千年，是目前已知的歐洲東南部最早的洞穴古遺址. 此外, 新石器时代的文物也時有發現， 當時的居民为伊利里亚人。波黑地域于公元前168年由罗马帝国占领。455年时东哥特人将该地区占领，6世纪时东哥特人被拜占庭击败，现波士尼亞與赫塞哥維納南部地区一度成为拜占庭帝国的一部分。

阿瓦尔人于6世纪和7世纪时开始入侵，塞爾維亞人和克罗地亚人也相继进入巴尔干半岛。在接下来的几个世纪内，波士尼亞以及赫塞哥維納地区多次分属周围的各个国家。1377年时特弗尔特科·科特罗曼尼奇（Tvrtko Kotromanić）建立了一个独立的波斯尼亚王国，但1463年时奥斯曼帝国入侵，波士尼亚被奥斯曼帝国所併吞。

在奥斯曼帝国统治时期，以武力、宗教人头税等方式迫害当地塞尔维亚人和克罗地亚人。并规定凡是穆斯林，可进入上层社会；农民如改信伊斯兰教，可免交某些捐税。過去的學者認為，在现今波士尼亞與赫塞哥維納境内的穆斯林族大多是由于这种政策所造成的。然而近年來的研究則認為波斯尼亞人改信伊斯蘭教多數並非被迫。[1]

奥斯曼帝國占领区儿童从小脱离父母和家庭，进行集中教育和培养，使之成为近卫军的一种兵源，迫使塞尔维亚人和克罗地亚人后代突厥化。他们还将其占领地区的人分等级，给予不同地位。凡是为其统治服务、效力的地主、军人等享有很高的地位，而仍旧信仰基督教的塞尔维亚人和克罗地亚人普通平民则被称为“赖雅”。

1908年波斯尼亚和黑塞哥维那一起成为奥匈帝国的领地，1914年奥匈帝国皇储斐迪南大公在萨拉热窝被塞族民族主义者所刺杀（參見萨拉热窝事件），直接导致第一次世界大战的爆发。战后波士尼亞與赫塞哥維納成为塞尔维亚人、克罗地亚人和斯洛文尼亚人王国的一部分，该王国后来更名为南斯拉夫王国。

第二次世界大战期间，波士尼亞與赫塞哥維納成为納粹德國及意大利王國的傀儡政权克罗地亚独立国领地的一部分，战后以波士尼亞與赫塞哥維納社會主義共和國的名義又重归铁托领导下的南斯拉夫。此时的波士尼亞與赫塞哥維納正式确认为南斯拉夫的一个联邦共和国，其边界采用的是奥斯曼帝国时期的边界，與當地实际民族的分布颇有出入。

70年代，南斯拉夫承认“讲塞尔维亚-克罗地亚语的伊斯兰教徒”为穆斯林族（即波黑独立后的波士尼亞人），使原本构成南斯拉夫主体的民族由五个提升到六个。新承认的穆斯林族，人口次于塞尔维亚人和克罗地亚人位居南斯拉夫第三位。

1992年2月19日，波士尼亞與赫塞哥維納在境內塞爾維亞人抵制的情况下，就独立问题举行公民投票。投票结果显示，约占人口62.8%的穆斯林族和克罗地亚族支持独立。3月3日，波士尼亞與赫塞哥維納议会在塞爾維亞人议员缺席抵制的情况下宣布独立，致使民族矛盾激化。4月6日，就在欧洲共同体承认波斯尼亞和黑塞哥維那共和國独立的當天，其境内5个塞爾維亞人自治区宣布联合成立塞族共和国，独立于波士尼亞與赫塞哥維納之外，但依然留在南斯拉夫社會主義聯邦共和國之内。塞尔维亚人的行动立即招致了波士尼亞與赫塞哥維納政府的镇压，驻扎在波士尼亞與赫塞哥維納境内的南斯拉夫人民军亦遭穆斯林和克罗地亚两族武装部隊的攻击。4月7日，南斯拉夫人民军出动飞机轰炸了克罗地亚族武装力量的弹药库，武装冲突骤然升级。冲突由首都萨拉热窝向外蔓延，酿成全面内战。

1994年3月波士尼亞與赫塞哥維納境內的穆斯林和克羅埃西亞人雙方同意共组联邦，以共同对抗境內塞爾維亞人。1995年11月21日各方签署代顿和平协定，结束内战，并把波士尼亞與赫塞哥維納分为波黑联邦以及塞族共和国两个政治实体。在這次的内战中波士尼亞與赫塞哥維納境內共有20万人死亡，超过200万人流离失所。战争结束後，北约在波士尼亞與赫塞哥維納的境內继续驻扎维和部队，2004年底由欧盟所取代。

2006年10月1日，大选举行。[2]10月18日，中央选举委员会公布波什尼亚族的哈里斯·西拉伊季奇、塞尔维亚族的内博伊沙·拉德马诺维奇和克罗地亚族的泽利科·科姆希奇当选为主席团成员。议会代表院42个席位中，民主行动党获得9席，波黑党获得8席，独立社会民主联盟和波黑社会民主党分别获得7席和5席，余下席位被其他一些政党和政党联盟获得。[3]2007年2月9日，以尼科拉·什皮里奇为部长会议主席的政府宣誓就职。[4]

2014年2月4日，發生反政府示威，或被称为波斯尼亚之春，这场始于北部城镇图兹拉的示威的名字来源于阿拉伯之春。起因是来自几家破产的私人企业的工人联合起来要求政府创造更多就业机会，付清工资，支付养老金。[5]很快这场示威蔓延到国内其他地方，在近20个城镇均有暴力冲突报道，其中以萨拉热窝、泽尼察、莫斯塔尔、比哈奇、布尔奇科、图兹拉最大。[6]据波斯尼亚新闻媒体报道在示威中有有数百人受伤，包括许多警察。另外在巴尼亚卢卡也有数百人集会支持反政府示威。[7]