1501年，巴拿马成为西班牙帝國殖民地，属新格兰纳达总督区。

在1698年，蘇格蘭王國企圖殖民巴拿馬，蘇格蘭軍隊於第二次行動中終於登陸了巴拿馬，由於人數太少，很快就被西班牙人包圍擊退。

1821年，巴拿马独立，加入西蒙·玻利瓦尔建立的大哥伦比亚共和国。

1830年，大哥伦比亚共和国分裂，巴拿马成为哥伦比亚共和国的一个省。

1880年，法国人斐迪南·德·雷赛布开始動工開鑿连接大西洋和太平洋的巴拿馬運河。美国总统西奥多·罗斯福试图接管这条运河。

1903年美國在击败英、法后与哥伦比亚政府签定由美国修建和租借运河的条约，哥议会拒绝批准。1903年11月3日，美军在巴拿马登陆，策動巴脫離哥倫比亞獨立，成立巴拿馬共和國。同年11月18日，美巴簽訂《巴拿馬運河條約》，美國取得「永久使用、佔領和控制巴拿馬運河」的權利，隨後掌控了運河區的行政、司法、警備、鐵路和財政等，使運河區成為名副其實的「國中之國」。美国从1904年起恢复开凿运河，于1914年完工。

1968年奥马尔·托里霍斯将军上台，到他在1981年一次空难中逝世为止，是巴拿馬的实际操权者。托里霍斯死后，曼紐·諾瑞嘉於1983年通過政變掌握大权。

1977年9月7日，吉米·卡特的美國政府和托里霍斯的巴拿馬政府簽署了關於巴拿馬運河的新條約。新條約規定，美國將在1999年底以前把運河和運河區的全部主權和管轄權逐步交還給巴拿馬共和國政府，美國也將撤出在巴拿馬運河區的駐軍。

 

美國入侵巴拿馬之戰

 

巴拿馬城

1989年5月总统大选开票统计结果，反对党联合推举之总统候选人吉列爾莫·恩達拉获得选举胜利，但軍政府領袖諾瑞嘉宣布选举无效，同年9月美国对巴国实行经济制裁。

1989年12月，美国以保護美國僑民、保護民主選舉和打擊販毒的名義（巴拿馬當時為國際販毒的一大洗錢中心），展開對巴拿馬代號「正義之師作戰」的軍事行動，以推翻諾瑞嘉的軍事獨裁政權，讓在之前選舉中勝選的恩達拉就任總統。12月15日诺列加宣布与美进入战争状态，自任国家元首。12月20日，兩萬七千名美軍對巴拿馬展開軍事行動，推翻諾瑞嘉政權，吉列爾莫·恩達拉就任總統。諾瑞嘉逃入梵蒂冈大使馆，1990年1月3日向美軍投降，他立刻被押往佛罗里达州，被起诉和关押。美軍入侵造成約兩千人死亡，包括巴拿馬軍人及一般平民。隨後，美國政府協助巴拿馬重新舉行選舉，並重新給予當地媒體言論自由和新聞自由，國家管理權漸漸和平過渡到反對派政治人物手中。

 

彩繪巴士

1999年12月31日，巴拿馬收回巴拿馬運河的全部管理和防務權，美軍全數撤出。[1]