Схил, на якому розташований храм, раніше був щільно заселений, про що свідчать залишки численних древніх будівель. В поселенні, як і всередині самого храму, залишилася велика кількість поховань. Незважаючи на це, початкова функція храму залишається невідомою[1]. Шоанинський храм являє собою зменшену копію Північного Зеленчуцького (без нартексу і західного притвору). А.Ю. Виноградов і Д.В. Білецький вважають, що храм побудувала місцева артіль, повторює престижний зразок, але технічно краще навчена і вільно трактувавша обрану форму. Ідентифікувати артіль з конкретною школою на даний момент важко. Не збереглося ніяких письмових свідчень, що дозволяють точно датувати церкву. Лише декорація Шоанинського храму проливає деяке світло на його хронологію. Залишки фрескового живопису споріднені другому шару розпису в Сентинському храмі. Тому ймовірно церква в Шоані була побудована до кінця Х — початку XI ст. Таким чином, Шоанинський храм був побудований після Середнього Зеленчуцького (950-960-і рр..), Сентинського (965 р.) і Північного Зеленчуцького (кінець 960-х — 970-х рр.) храмів, він відноситься до третього етапу храмового будівництва в Аланії після повернення до християнства близько 950 р..

В кінці XIX ст. Шоанинський храм був перетворений на церкву скиту Олександро-Афонського монастиря. Храм був оштукатурений, замінено дах, а межі перебудовані.

У 2007 році жителі села імені Коста Хетагурова після низки звернень в уряд республіки справили самовільний ремонт собору. При цьому була грубо збита пізня штукатурка в інтер'єрі храму, під якою знаходилася первісна обмазка. В результаті частина цієї обмазки загинула, а на відкритих частинах в даний час є залишки стародавнього декоративного розпису, грецькі, арабські, грузинські, вірменські та російські написи різних епох і численні північнокавказькі родові знаки-тамги[2]. Східна частина храму, що зі сторони села, була побілена.

30 квітня 2011 року невідомі підпалили храм, однак пожежу швидко ліквідовано, а внутрішнє оздоблення та ікони не постраждали[3].

16 лютого 2016 року в Росії випущена в обіг срібна пам'ятна монета номіналом 3 рублі, присвячена Шоанинському храму[4].