Монастир було засновано царем Давидом IV Будівельником 1106 року та став його усипальницею. Соборна церква будувалась до 1125 та ще п'ять років оздоблювалась мозаїками, які вважаються найкращими у Закавказзі. На той час монастир був резиденцією Гелатської академії, члени якої жваво цікавились давньогрецькою філософією.

У XIII століття до монастирського ансамблю було додано церкви св. Миколи та св. Георгія, а також триярусну дзвіницю. Стінопис належить до різних періодів грузинської історії з XII до XVIII століття; особливо примітними є портретні зображення коронованих осіб. Раніше в монастирі зберігалось багато цінних ікон і витворів прикладного мистецтва. За радянських часів їх було вилучено та розподілено по музеях.

У 1104 році цар Давид Будівельник захопив Кахетинське царство. На згадку про приєднання Кахетії Давид вирішив заснувати монастир, і в 1006 році наказав почати будівництво у горах над столицею (Кутаїсі). Першою та основною спорудою став Собор Різдва Пресвятої Богородиці, який будували до 1125 року. Таким чином, цей монастир, і особливо його собор, став символом грузинського Золотого століття, а точніше, символом початку нової фази цього століття.

При монастирі була заснована Академія, будівлю якої нещодавно відреставрували. Таким чином утворився комплекс, який складався з Собору, будівлі Академії, трапезної, будинку настоятеля і келій. Все це було обнесено стіною. Додатково було побудовано друге кільце стін, яке вже не існує. У ті роки навколо монастиря були побудовані навіть спеціальні місця для пустельників.

Саме за Давида в монастир була перенесена Хахульська ікона Божої Матері. Зараз її можна бачити в музеї мистецтв у Тбілісі.

Давид Будівельник помер в 1125 році і був похований в воротах монастиря. Його син, цар Димитрій, добудував західний боковий вівтар храму (через який зараз входять в собор), розписав його фресками, а потім побудував південний боковий вівтар. У 1130 році Собор був освячений.

Близько 1200 року, вже за цариці Тамари, в Гелаті був побудований храм Святого Миколи Чудотворця, дуже невеликий, але піднятий вгору на цілий поверх, так що під храмом можна вільно ходити. У 1293 році в соборі монастиря був похований цар Давид Наріне.

Пізніше був побудований і третій храм — на честь Георгія Побідоносця. Орієнтовним часом будівництва більшість дослідників вважає середину XIII століття. У храмі немає ніяких явних елементів, які допомогли б ідентифікувати епоху: на ньому немає датованих написів і в документах його споруда не згадується.

Дзвіницю збудували над криницею, де до цього стояв кам'яний намет. Такі дзвіниці в великих кількостях будували наприкінці XIII століття – на початку XIV ст.. Ще нещодавно у неї був купол з покрівельного заліза, але в 2010 році його розібрали і перебудували, виклавши глазуровану плитку.[1]

Вторгнення монголів до Грузії у XIII—XIV ст. сильно перешкоджало розвитку країни, але не змогло повністю придушити творчу активність нації. І все-таки будівельні роботи в монастирі Гелаті продовжувались, хоча і в значно зменшеному масштабі.[2]

У XIV столітті монастир був частково зруйнований монголами, в XV столітті відновлений.

Фрески монастиря сильно постраждали під час турецького набігу 1510 р. Імеретинський цар Баграт III (1510—1565) доклав зусиль до їх відновлення. У храмі Різдва фрески зроблені між 1561 і 1578 роками (бо на них зображена друга дружина царя Георгія II), а в храмі Святого Георгія — після 1578 року (там Георгій згаданий у написі з третьою дружиною).

З 1557 по 1578 Абхазьким (західногрузинським) Католикосом був Евдемон I (Чхетідзе). Евдемон покинув Піцунду (резиденцію католікоса з XIII століття) і переселився в Гелаті. Йому була передана церква Великомученика Георгія, яка стала кафедральним собором всього західногрузинського католікосата. Мабуть, в ці ж роки була привезена головна реліквія Абхазії — ікона Бічвінтської Божої Матері.

У 1994 монастир Гелаті включено до списку Всесвітньої Спадщини ЮНЕСКО

Зараз на території монастиря можна бачити три храми, збудовані в одну лінію зі сходу на захід. У стіні є ворота зі сходу і з півдня. Східні — основні, а південні швидше меморіальні, саме там знаходиться могила царя Давида. Увійшовши в східні ворота, в можна побачити попереду дзвіницю, відразу зліва — храм Георгія, за ним Різдвяний собор, і в кінці храм Святого Миколая Чудотворця.[1]