Перші згадки про Цхалтубо, як про дивовижне місце, відомоме своїми цілющими джерелами, відносяться ще до VII століття. Цхалтубо згадується в джерелах 7 століття. У 12-13 століттях, за часів Грузинського царства, поселення пов'язують з цілющими мінеральними джерелами, які знаходяться в районі Цхалтубо. У документах згадуються «маглакські» лазні. Під ними історики мали на увазі цхалтубські джерела. Про мінеральні води Цхалтубо збереглися легенди та перекази. За однією легендою, у XVII столітті пастух, якого турбував біль у суглобах, пас у цих місцях худобу. Він випадково набрів на джерело з теплою водою (цкалі) і першим випробував на собі її лікувальні властивості, що принесло йому велике полегшення. Так стала поширюватися слава про місцеві джерелах. А курорт перейменували у Цхалтубо замість стародавнього Маглакі.

Використання джерел мінеральної води за призначенням почалося, ймовірно з 7 ст. У 12-13 ст. джерела вже була популярними по усій Грузії. Після монголо-татарської навали, цхалтубські джерела були призабуті, а місто було у підпорядкуванні правителів Імеретії. До середини 17 століття Цхалтубо було невеличким поселенням. Цілющі джерела привернули увагу дослідників, але ще довгий час цхалтубські джерела були необлаштовані та занедбані.

Статус бальнеологічного курорту місто отримало у 1920 році. З 1921 року було вирішено перетворити Цхалтубо у бальнеологічний курорт союзного рівня: налагоджується інфраструктура, проводяться дослідження властивостей води, приймається план забудови. Цхалтубо був розділений на три зони: житлову, санітарну та бальнеологічну. У 1931-32 роках проводяться широкомасштабні науково-дослідні й гідрогеологічні дослідження.

Черговий проект розвитку в 1936 році був представлений архітектором Н.Северовим. У 1939 році Цхалтубський район був відділений від Кутаїського, внаслідок чого був заснований Цхалтубський район з центром у Цхалтубо. У 1950-51 роках був розроблений генплан (архітектори: І. Заалішвілі, В. Кедія) за яким Цхалтубо був розділений на бальнеологічну, санітарну та житлову зону.

У 1953 році Цхалтубо отримав статус міста. Після Другої Світової війни, санаторно-курортний комплекс зазнав суттєвої модернізації по збільшенню і облагороджування території, а також будівництва нових санаторіїв. Внаслідок розвалу СРСР та Грузино-Абхазького конфлікту, інтерес до Цхалтубо з боку туристів з пострадянського простору різко знизився, а комплекс занепав. Зараз, місцева влада зайняті відновленням колишньої популярності і можливо, вже через деякий час курорт знову поверне собі втрачений авторитет.[1] У перекладі з грузинської мови «Цхалтубо» означає «тепла вода».