Біограф Джорджо Вазарі у своїх «Життєписах» (1550) згадує, що «Народження Венери» і «Весна» зберігалися в віллі Кастелло під Флоренцією, що належала Козімо Медічі. Більшість істориків мистецтва сходяться на думці, що картина була написана для Лоренцо ді Пьерфранческо Медічі, які володіли віллою Кастелло в 1486 році. Лоренцо ді Пьерфранческо Медичі — двоюрідний брат Лоренцо Пишного, герцога Флоренції. Пізніші знахідки інвентарних записів дому Медічі підтверджують, що Лоренцо володів «Весною», а однозначних доказіви, що саме він був замовником і «Народження Венери», поки не існує.

Вважається, що моделлю для Венери була Симонетта Веспуччі, яка народилася в Порто-Венере на лігурійському узбережжі. Можливо, натяк на це міститься в сюжеті картини. Також є версія, що Боттічеллі написав «Народження Венери» не для Лоренцо Медічі, а для одного зі своїх знатних сучасників, а у власність Медічі вона потрапила пізніше.

Опис бога західного вітру Зефіра, чиє дихання приносить весну, зустрічається у Гомера. Овідій повідомляє про його дружину Хлориду, що обіймає Зефіра руками й ногами. Видається малоймовірним, що Боттічеллі був знавцем оригінальних грецьких і римських текстів. Так бібліотека сучасників художника братів Маяно (італ. Benedetto e Giuliano da Maiano) схожого з ним соціального походження налічувала всього 29 книг, половина з яких була на релігійну тематику, а з класичних текстів присутня тільки біографія Олександра Македонського і робота Лівія. Швидше за все, бібліотека Боттічеллі мала схожий характер. Однак, через свого сусіда Джорджо Антоніо Веспуччі , Боттічеллі був вхожий в коло інтелектуальної еліти Флоренції. Можливо, він був знайомий з поетом Анжело Поліціано (1454–1494), який в одному зі своїх віршів описував народження Венери. Також порадником художника міг бути і філософ Марсіліо Фічіно (1433–1499, який намагався поєднати класичну філософію з християнством. У його філософській доктрині важливою фігурою була Небесна Венера, символізували гуманізм, милосердя і любов, і чия краса вела смертних на небеса.

Навіть якщо Поліціано або Фічино не були прямими порадниками Боттічеллі, їхні роботи підготували громадську думку до сприйняття образу оголеної античної богині, й художник міг працювати над своїм твором не боячись осуду чи нерозуміння з боку співгромадян.

У 1987 році була завершена реставрація картини. З неї був видалений шар лаку, нанесений через деякий час після того, як Боттічеллі закінчив роботу над нею, і що перетворився за кілька століть у жовто-коричневий наліт.