St. Pauls katakomberär några av de mest framträdande dragen i Maltas tidiga kristna arkeologi. Den arkeologiska röjningen av platsen har avslöjat ett omfattande system av underjordiska gallerier och gravar från det tredje till 700-talet e.Kr.

Platsen undersöktes först 1894 av Dr. Antonio Annetto Caruana. Det förvaltas nu av Heritage Malta.

Det finns över 30 hypogea i hela St. Pauls och St. Agathas komplex, varav över 20 är öppna för allmänheten.