Malta har varit bebott sedan ungefär 5200 år f. Kr. Den vanligaste teorin är att de grupper av människor som invandrade vid denna tidpunkt kom från Sicilien. En annan är att det var en västmediteransk primitivkultur från Nordafrika.

Trots de begränsade resurser som fanns på öarna blomstrade denna kultur, och man reste ett flertal megalitiska monument av kalksten, som det finns gott om på ön. Dessa härstammar från tiden 3 000–2 500 f. Kr och är ofta byggda parvis. Sju av dessa monument har förklarats som världsarv av Unesco; bland dessa finns det mest välbevarade, Tarxientemplen.

Lämningar av antika stentempel finns även i Hagar Qim, Mnajdra och på ön Gozo samt det unika Necropolis (de dödas stad), Hal Saflieni Hypogeum, som ligger underjordiskt i Vallettas förort Paola. Man har där påträffat över 7 000 gravar. En rad av dessa monument samt själva huvudstaden har tagits upp på Unescos världsarvlista 1980).[1] En del av de äldsta lämningarna är äldre än de egyptiska pyramiderna i Giza.

Den megalitiska tempelkulturen avlöstes av en bronsålderskultur.

Omkring år 1000 f. Kr. blev ön koloniserad av fenicier, som använde ögruppen som en utpost när man utökade sin handel i Medelhavet. Efter dem finns fornminnen i form av gravkamrar med lersarkofager i människogestalt, vattencisterner och lämningar av verkstäder.

År 736 f. Kr. koloniserades ön av greker, som kallade sin nya koloni "Melita" efter det grekiska ordet för honung, meli. Anledningen till namnet är den honungsgula kalksten, som är mycket vanlig där, och sedan länge är det huvudsakliga byggnadsmaterialet på ön. Gozo kallades i äldsta tid Ogygia, vilket ibland har ansetts vara den ö som enligt Odyséen beboddes av nymfen Kalypso. Senare har ön benämnts Gaudos.

Öarna hamnade under karthagiskt styre omkring år 400 f. Kr.

Vid andra puniska kriget 218 f. Kr. erövrade romarna Malta och förenade det med provinsen Sicilien. Malta blomstrade under romartiden, då det erhöll status municipium. Romarna anlade också en fästning på öns centrala del med utsikt över hela landet. Denna erhöll vid tidpunkten samma namn som ön, alltså Melita.

På 400-talet e. Kr. besattes ögruppen av vandalerna, som senare följdes av östgoterna. Vid romarrikets sönderfall tillföll Malta den östromerska delen, sedermera Bysans, och förlorade betydelse.

Ögruppen ingick i Bysantinska riket från 533 fram till 870, då den erövrades av Abbasidiska kalifatet. De nya arabiska herrarna utvecklade öns bomullsindustri och genomförde en allmän upprustning av huvudstaden, som nu bytte namn till Mdina. En förstad med ett traditionellt arabiskt namn, Rabat, anlades. Öbornas eget språk maltesiska är det enda semitiska språk som skrivs med latinska bokstäver.

I samband med att den normandiske riddaren, greven av Sicilien, Roger I (Ruggero), övertog styret i södra Italien (och lade grunden till Kungariket Sicilien) drev han också ut araberna från Malta år 1091. Han ägnade dock inte så mycket tid åt sin nya besittning, vilket gjorde att landet föll sönder och delades upp mellan lokala aristokrater.

I ett par hundra år bestod dock den arabiska karaktären på öarna. Aristokraterna utökade även bebyggelsen i Mdina med sina egna palats. Under denna period byggdes också många av de äldsta kyrkorna på ön, ofta på platser där det funnits kyrkor redan före arabernas invasion. På 1240-talet utvisades den muslimska befolkningen, och därmed upphörde den arabiska karaktären på Malta.[ifrågasatt uppgift]

1280–1479 ingick Malta i Aragonska kronan som senare förenades med Kastilien, varmed Malta hamnade under spansk hegemoni.

Karl V (tysk-romersk numrering, identisk med Karl I enligt spanska imperiets numrering) befarade en muslimsk inryckning till Europa via Malta. Som en broms mot detta förlänade han 1530 Malta till Johanniterorden, som var på flykt sedan Süleyman den Store från Osmanska riket hade jagat bort dem 1522 från deras bas Rhodos. Som motprestation för gåvan skulle johanniterna till Karl V årligen överlämna en jaktfalk som symbolisk avgift.[2]

Det var nu öns ekonomi började blomstra, mycket tack vare det sjöröveri som Johanniterorden ägnade sig åt. Turkarna gjorde ett misslyckat anfall 1551 i ett försök att krossa Johanniterna. Orden var dock fortfarande en nagel i ögat på den osmanske sultanen, och 1565 försökte han på nytt genom att skicka en styrka på 40 000 man för att erövra ön vilket blev känt som belägringen av Malta. Landstigningen ägde rum vid Marsaxlokk. Trots svårt underläge för Johanniterna, vars styrkor uppgick till bara 6 000 man, misslyckades anfallet till följd av slug taktik från ordens dåvarande stormästare Jean Parisot de la Valette. Båda sidor led svåra förluster. Mellan 25 000 och 30 000 osmaner stupade, och malteserriddarna förlorade 2 500. Dessutom dödades omkring 7 000 personer ur den civila befolkningen.

Malteserriddarna, som johanniterna börjat kalla sig, hade genom kriget insett att landet var svårförsvarat, och man började bygga en ny befäst stad, Valletta, för sitt högkvarter i stället för det dittillsvarande Birgu. Den första huvudstaden Mdina låg mitt i landet, även kallad "den tysta staden". Den första grundstenen lades den 28 mars 1566. Samma år som Jean de la Valette dog stod den nya staden klar.

1798 var emellertid malteserriddarna illa förberedda när Napoleon I Bonaparte ockuperade ön, och de gav upp utan motstånd. Detta kom att markera slutet på malteserriddarnas välde. Det innebar bland annat att slavhandeln avskaffades och att fängslade turkar släpptes fria.

Det franska styret varade dock inte längre än Napoleon själv. Fransmännen var hårda herrar och maltesarna gjorde uppror. På maltesisk begäran kom britterna till hjälp genom en flottstyrka ledd av Lord Nelson. 1800 kapitulerade den franska garnisonen.

Vid Freden i Amiens 1802 bestämdes att Johanniterorden skulle få tillbaka Malta, men maltesarna motsatte sig detta och begärde åter hjälp från Storbritannien. Det hela slutade med att Malta genom Parisfreden 1814 blev brittisk kronkoloni.

I och med att handelstrafiken genom Medelhavet växte efter det att Suezkanalen hade öppnats 1869, inleddes en ny blomstringstid för ön. Efter hand började maltesarna glida ur den brittiska överhögheten.

1921 fick Malta ett begränsat självstyre.

Efter andra världskriget upplevde Malta en turbulent period. Genom en författningsändring 1947 fick man ökad befogenhet att bestämma i inrikesfrågor. 1956 anordnades en folkomröstning angående ett förslag att knyta Malta fastare till det brittiska imperiet, vilket skulle ge Malta plats i det brittiska parlamentet. Majoriteten av de röstande svarade ja till förslaget, men eftersom valdeltagandet till följd av bojkott från Nationalistpartiet var lågt, så innebar det att ja-rösterna representerade en minoritet av de röstberättigade. Förslaget genomfördes inte.

Nationalistpartiet fick majoritet vid valet 1962 och drev med visst stöd från Arbetarepartiet igenom fullständig självständighet från 1964, men man ingick samtidigt i en försvarsallians med Storbritannien och kom därmed att fortfarande vara en del av det brittiska samväldet. Efter nytt maktskifte sades försvarsavtalet upp, och 1974 förklarade sig Malta vara en autonom republik. År 1979 stängdes den brittiska militärbasen i enlighet med det avtal som hade förhandlats fram 1972.

År 2004 blev Malta medlem i Europeiska unionen.