Klippdomen uppfördes i sin nuvarande form på Tempelberget mellan åren 687 och 691 av den nionde kalifen, Abd al-Malik. Den fick sitt namn av klippan den är byggd på, vilken enligt abrahamitisk tradition patriarken Abraham skulle använda som offeraltare när han av Gud ombads offra sin son och från vilken Muhammed enligt senare muslimsk tradition steg upp till Gud med ärkeängeln Gabriel. Tempelberget, vars religiösa betydelse enligt Gamla testamentet sträcker sig tillbaka till tiden för Salomos tempel, fick redan när Jerusalem blev muslimskt år 638 en ny helgedom med uppförandet av den närliggande al-Aqsamoskén vilken emellertid ej färdigställdes förrän år 705. Klippdomens arkitektur inspirerades av dåtida bysantinska kyrkor och palats.[1][2]

Efter det första korståget togs Klippdomen över av Augustinerorden som omvandlade den till en kyrka medan al-Aqsamoskén blev ett kungligt palats. När Saladin tog över Jerusalem år 1187 blev Klippdomen åter en muslimsk helgedom. Under mamlukerna liksom det efterföljande Osmanska rikets styre blev Klippdomen föremål för omfattande kunglig mecenatverksamhet, sultan Süleiman den magnifike lät täcka exteriören med kakelplattor vilket tog sju år att färdigställa.