V 15. stoletju je rodbina Širvanšah, pod Ibrahimom I. Širvanom, po uničujočem potresu prenesla svojo prestolnico iz Šamahija v Baku. Zavezal se je za gradnjo palače. Stavba je spominski kompleks, zgrajen okoli svetišča (pir) in grobnice Sejida Jahja Bakuvija, ki je bil helvatski sufijski svetnik. Širvanšahi so bili zavetniki helvatskega sufijskega reda, Širvanšah Halilulah I. pa je bil pokopan z njegovo družino v palači. Drugi zgodovinarji trdijo, da je bila stavba uporabljena kot vladarjeva palača. Obe teoriji trpita zaradi pomanjkanja dokazov. Znano je, da so vodnjaki znotraj tal 'palače' do nedavnega veljali da imajo zdravilne lastnosti, prav tako hrib, kjer je bila palača zgrajena.

Po safavidski osvojitvi Bakuja leta 1501 je bil sufijski red izgnan. Skozi stoletja je 'palača' propadala in je bila v Bakuju znana kot palača Baku kanov; ta toponim se je preselil v rusko zgodovinopisje, ki ga je prvič navedel Bartold.

Do leta 1501 ni bilo najdenih nobenih podatkov o gradnji palače. Po eni od perzijskih kronik so bile leta 1501 čete širvanšaha Farruka-jesarja, sina Halil-ulija I., v Šamahiju poražene od čet šaha Ismaila I. iz rodbine Safavidov. Faruk-jesar je bil v bitki ubit; čete Ismaila I. so se premaknile v Baku, ga oblegale in po več napadih zasedle mesto. Nato je bila po ukazu šaha Ismaila I. uničena visoka zgradba Širvanšahov. Čez nekaj časa so mesto Baku in celotno okrožje, pa tudi Širvan, upravljali guvernerji, ki so jih postavili Safavidi. Ni podrobnih podatkov o ljudeh, ki so živeli v palači in v kakšnem stanju je bila v prvi polovici 16. stoletja.

 

Turbe (mavzolej) Širvanšahov v Bakuju. 15. stoletje.

V drugi polovici 16. stoletja je potekala vojna med Safavidi in Osmanskim cesarstvom. Leta 1578 so Turki osvojili Baku. Od časa vladavine Osmanskega cesarstva so se na območju palače ohranila vrata v palačnem zidu, ki je obdajal palačo od vzhoda. Iz napisa na portalu teh vrat izhaja, da so bila zgrajena v času turškega sultana Murata III. (vladal 1574–1595) [1]. Takrat so v palači živeli turški paše. O tem pričajo Vzhodna vrata.[2] Od 17. stoletja je bila palača prazna in ni bilo nobenih vladnih uradnikov. Opat samostana in predstavnik misijona Isfahan, kapucin Pater Rafael du Mans je v svojem eseju leta 1660 opisal palačo Širvanšah v bakujski trdnjavi in dal podatke o njeni opustošenosti in uničenju. Leta 1723 so Baku oblegale čete Petra I., mesto pa so bombardirali. V zvezi s tem so močno trpele jugovzhodne fasade palače. Sredi 19. stoletja je palača prešla pod ruski vojaški oddelek.

Ruski vojaški oddelek je delno prenovil palačo. Hkrati je bilo izvedeno precejšnje prestrukturiranje, ki je dvoranske prostore prilagodilo skladiščem vojaške opreme. Popravila vojaškega oddelka, skupaj z obnovo uničenih delov, so privedla do uničenja številnih delov, potrebnih obnove. Vojaški oddelek je s prilagoditvijo stavbe palače skladišču porušil več sten, ki so ločevale prostore v drugem in prvem nadstropju, namesto njih v drugem nadstropju pa so bili zgrajeni polkrožni oboki, ki podpirajo streho.

Ostanki kupol, lancet in križnorebrastih obokov so bili uničeni v vseh prostorih v drugem nadstropju; zamenjali so jih ravni tramovi. Okenske odprtine (dvojna stekla) drugega nadstropja so bila postavljena tako, da so ostala le majhna okna. Nova široka vrata so bila preluknjana.[3]

V tem obdobju je vzhodna pravoslavna cerkev v Bakuju želela porušiti palačo, da bi na njenem mestu postavila bakujsko stolnico. Vendar so to prošnjo carske oblasti zavrnile le zato, ker so se prostori palače uporabljali za velika skladišča.

V drugo nadstropje severne fasade palače so naredili vhod in v steno naredili ogromno luknjo. To so storili zato, da bi voz, ki so ga vlekli konji z ulice, vstopil v drugo nadstropje palače. Po omenjeni reorganizaciji je vojaški oddelek pritrdil lestev na vzhodno pročelje palače, celotno južno (ali spodnje) dvorišče pa je bilo obdano s kamnitim zidom z linami. Ta zid je bil postavljen iz temelja, ki je ostal od starih zidov, ki so obdajali palačo. [4] Palačni kompleks je danes zaščiten s trdnjavskimi zidovi, postavljenimi v prvi polovici 19. stoletja.

V času obstoja Azerbajdžanske demokratične republike (1918–1920) so bili sprejeti številni ukrepi za proučevanje in popravljanje arhitekturnih spomenikov. Tako je konec leta 1918 risbe Širvanšahove palače naredil arhitekt inženir Ismael bek Nabi oglu. V začetku leta 1920 je Ismail bek Nabi oglu prebral več ciklov predavanj o usodi palače v Družbi za preučevanje muslimanskega vzhoda. Periodični tisk je nakazal, da so poročilo ponazorile različne fotografije in risbe palače. Po poročilih in razpravah je bilo izvoljeno predsedstvo društva, v katerem so bili predsednik profesor Zimin, tovariš predsednik I Beljajev, učitelj tajnik Seidov in Kazioni Subhanverdihanov. Na sestanku je predsedstvo naročilo, naj v bližnji prihodnosti organizirajo ekskurzijo v palačo.

Leta 1920 je vlada Azerbajdžanske SSR začela sprejemati ukrepe za zaščito spomenika. Od leta 1920 se je začelo čiščenje palače iz starodavnih plasti smeti in delna popravila, ki jih je spremljala arheološka izvidnica.

Leta 1924 so dela nadaljevali. Po velikih popravilih in restavratorskih delih 1932–1934, ki jih je AzCUOP skupaj z moskovskimi državnimi restavratorskimi delavnicami izvedel za projekte arhitekta Borisa Zasypkina, je stavba nekdanje Širvanšahove palače dobil Azerbajdžanski zgodovinski muzej AzFAN. Ker so bila glinena tla krhka in je bila stavba palače namenjena organizaciji muzeja v njej, so bila tla med popravljalnimi in restavratorskimi deli prekrita s parketom. Iz okenskih odprtin so bili odstranjeni kamni, položeni v 19. stoletju in jim vrnili prvotni videz. Prvotna postavitev drugega nadstropja ni bila obnovljena, ker naj bi bil prostor muzej: kjer sta le dve sobi, je bilo prvotno osem sob. Načrt prvega nadstropja je bil v celoti obnovljen.[5]

V letih 1937-1938 os bila pod vodstvom arheologa V. N. Leviatov v palači izvedena arheološka izkopavanja in najdeno veliko število artefaktov iz obdobja od 12. do 15. stoletja. Arheološka izkopavanja, ki jih je izvedel Leviatov leta 1945 na ozemlju palačnega kompleksa, globoko pod temelji ohranjenih stavb, so razkrila ostanke nekoč gosto naseljene stanovanjske četrti. Številni fragmenti keramičnih predmetov in kovancev datirajo v 8.-9. stoletje.[6]

Nekaj časa sta bila v stavbi palače azerbajdžanski ljudski muzej in muzej zgodovine religije. Leta 1960 je bila palača spremenjena v arhitekturni rezervat, ki je bil leta 1964 spremenjen v Državni zgodovinski in arhitekturni muzej-rezervat Kompleks Širvanšahove palače.

Leta 1992 so se začela nova obnovitvena dela. Avtor projekta obnove palačnega kompleksa je bil Niyazi Rzajev. Obnova se je začela v prestolni sobi. Leta 2000 je bil na 24. zasedanju Unescovega odbora za svetovno dediščino zgodovinski del mesta Baku, Icheri Sheher, skupaj s palačo razglašen za Unescovo svetovno dediščino. To so bili prvi predmeti, uvrščeni na seznam Unesca na ozemlju Azerbajdžana. Leta 2006 je bila končana naslednja obnova palače.[7]

Leta 2017 sta Deviški stolp in Širvanšahova palača dobila certifikat odličnosti.[8]