Območje mesta je bilo nenehno poseljeno že od neolitika. V obdobju La Tène je bil upravno središče keltskih Alumov v Noriškem kraljestvu. Po rimski invaziji leta 15 pr. n. št. je prebivalstvo na mestnih hribih raslo in se preselilo na območje starega mesta v skladu z rimskim urbanističnim načrtovanjem. Novo mesto je bilo pod cesarjem Klavdijem Municipium Claudium Iuvavum eno najpomembnejših mest v zdaj rimski provinci Noricum. Po opustitvi province Norikum leta 488, na začetku preseljevanja narodov, je del romanokeltskega prebivalstva ostal na območju. V 6. stoletju so deželo prevzeli Bavarci. Škof Rupert je ostanke rimskega mesta dobil v dar od vojvode Teodoja II. Bavarskega okoli leta 696 za služenje državi na vzhodu in jugovzhodu. Obnovil je samostan sv. Petra in ustanovil benediktinsko ženski samostan Nonnberg. Dežela Salzburg in okraji so na Bavarskem kmalu dobili vse večji vpliv in moč zaradi cvetočega rudarjenja soli in obsežnega misijonarskega dela. [1]

Leta 996 je Salzburg od cesarja Otona III. dobil pravico do trženja, kovnice in cestnine, med letoma 1120/30 je v dokumentih omenjen mestni sodnik. Najstarejši znani mestni zakon izvira iz leta 1287 [2].

 

Salzburg leta 1791 (Radierung von A. Amon po Franzu Heinrichu von Naumannu)

 

Salzburg na Franciscejskem katastru

Od bitke pri Mühldorfu leta 1322 je bila nadškofija sovražna do matične države Bavarske. Posledično je Salzburg v Svetem rimskem cesarstvu postal samostojna knezo-nadškofija. Gospodarski razcvet mesta v 15. stoletju je privedel do samozavestne buržoazije z vse večjimi pravicami in dolžnostmi. Nadškof Leonhard von Keutschach, ki je bil gospodarsko zelo uspešen, je to avtonomijo silovito končal. Nekaj let po izdaji tez Martina Luthra je bila večina mestnega prebivalstva blizu protestantizmu, do leta 1590 so bili neomajni protestanti vsi izgnani iz dežele. Kritika nadškofove avtoritarne moči se je pod Keutschachom še povečevala. Leta 1525 so uporni rudarji in kmetje oblegali trdnjavo Hohensalzburg, v katero se je zatekel nadškof Matthäus Lang von Wellenburg. Šele s pomočjo vojakov, ki jih je kupila Švabska federacija, so se uporniki umaknili. Knezo-nadškofija je bila ena najbogatejših kneževin v rimsko-nemškem cesarstvu okoli leta 1600 zaradi pridobivanja soli in zlata. Takrat je nadškof Wolf Dietrich von Raitenau preuredil staro mestno jedro [3].

Veliko poznoromansko stolnico je Markus Sittikus porušil in obnovil v zgodnjem baročnem slogu.[4]

Nadškof Paris Lodron je s pametno politiko nevtralnosti uspel Salzburg ubraniti pred tridesetletno vojno (1618–1648). Mesto se je razvilo v eno najbolj utrjenih mest v Evropi.

Salzburg je kmalu postal središče protireformacije, zgrajeni so bili samostani, semenišče in številne baročne cerkve, velik del prebivalcev je bil združen v laična bratstva.[5] V letih med 1675 in 1690 so se v Salzburgu odvijali čarovniški procesi, zaradi katerih so usmrtili več kot 150 ljudi. Večina jih je bila otrok in mladostnikov.[6]

Leta 1732 se je bila pod nadškofom Leopoldom Antonom von Firmianom večina protestantov, ki so ostali v državi, prisiljena izseliti (Salzburški izgnanci).

Salzburg je v letih 1772 do 1800, pod nadškofom Hieronimom Franzem Josefom Colloredoom von Wallseejem in Melsom postal osrednja točka poznega razsvetljenstva, v katerem sta cvetela znanost in umetnost.[7]

Leta 1803 je Salzburg z Napoleonovim ukazom postal posvetno volilno telo, leta 1805 skupaj z Berchtesgadnom del novega Avstrijskega cesarstva in leta 1810 pridružen Kraljevini Bavarski. Leta 1800, 1805 in spet 1809 so Salzburg zasedle in ga oropale Napoleonove čete.

Leta 1816 je dežela Salzburg večinoma spet pripadla Avstrijskemu cesarstvu in s tem prišla pod habsburško oblast. Salzburg je bil sprva nepomembno zgornjeavstrijsko okrajno mesto, v katerem se je poleg nekaj gostov v toplicah izgubilo le še nekaj slikarjev in pisateljev. Toda te so očarale lepote mesta in njihova poročila so Salzburg vse bolj oznanjala kot destinacijo za turiste. 30. aprila 1818 je izbruhnil požar, ki je pustošil po mestu štiri dni. Uničeno je bilo približno sto hiš. Rušenje mestnih utrdb se je začelo leta 1860 in je služilo predvsem kot gradbeni material za novogradnje. Istega leta je Salzburg praznoval odprtje železnice Dunaj - Salzburg in Salzburg - München. Ta je zagotovila močno rast mesta in omogočila razcvet trgovine in obrti.[8]

Konec prve svetovne vojne je Salzburgu prinesel tudi čas lakote, gospodarstvo je le postopoma okrevalo.

Med letoma 1935 in 1939 so bile mestu priključene različne sosednje vasi. Od leta 1938, v času nacističnega režima, so bili politični nasprotniki, Judje in druge manjšine aretirani in deportirani. Gospodarsko življenje so ohranjali vojni ujetniki. 1944 / 45 so ameriške letalske bombe poškodovale velik del mesta. Polkovnik Hans Lepperdinger je mesto leta 1945 rešil tako, da je odklonil ukaze in ga brez boja izročil Američanom. Salzburg je bil po vojni sedež visokega poveljstva ZDA. V prvih povojnih letih je mesto zaznamovala beda beguncev. Stanovanja v barakah so šele postopoma nadomestile gradnje novih okrožij. Leta 1962 je bila ponovno ustanovljena univerza, ki je bila leta 1810 razpuščena. V obdobju, ki je sledilo, je Salzburg postal gospodarsko uspešno trgovsko, sejemsko in turistično mesto.[9]