Здание было воздвигнуто в 687—691 годах по повелению омейядского халифа Абд аль-Малика (65—86 годы хиджры / 684—705 годы н. э.) под наблюдением двух мастеров — Раджи ибн Хайва  (англ.) (рус. из Бейт-Шеана и Язида ибн Саляма из Иерусалима. Куполом закрыт выступ скалы, с которого, по преданию, пророк Мухаммад совершил мирадж[1]. Именно благодаря этому выступу Куббат ас-Сахра получила своё название.

В те времена, когда Иерусалим находился в руках крестоносцев, Купол Скалы был передан в распоряжение монахов-августинцев и превращён в церковь Templum Domini  (англ.) (рус. («рус. Храм Господа»), а в мечети Аль-Акса был устроен королевский дворец. В 1187 году город отвоевал Саладин, который поручил своему племяннику заняться восстановлением исламской святыни; тогда же к ней была пристроена паперть. К настоящему времени от церкви сохранился лишь деревянный парапет, который был приспособлен в качестве подставки для чтения Корана[2].

В 1927 году Купол Скалы пострадал от землетрясения.

До 1963 года Купол Скалы имел свинцовое покрытие, затем покрытие из медно-алюминиевого сплава золотого цвета.

После Шестидневной войны 1967 года в Купол Скалы вошёл Шломо Горен со свитком Торы и шофаром; тогда же над зданием был на короткое время водружён флаг Израиля[3].