Nekropolię poświęcono oficjalnie 20 maja 1839, a pierwszą pochowaną osobą była Elizabeth Jackson (36 lat, zm. 23 maja 1839). Do końca 1839 pochowano tam 204 osoby. Zarząd nad cmentarzem sprawowała London Cemetery Company, opiekująca się również cmentarzem w południowej części miasta (Nunhead). Reprezentacyjna jest Aleja Egipska, oflankowana dwoma okazałymi obeliskami, mocno zagłębiona względem okolicznego terenu. Stoją przy niej monumentalne, 12-osobowe grobowce z ciężkimi, metalowymi drzwiami. Na cmentarzu zbudowano też duże katakumby i wzniesienie z cedrem libańskim. Przy bramie głównej wzniesiono kaplicę. W 1854 cmentarz rozszerzono o 19 akrów po przeciwnej stronie Swains Lane wraz ze zbudowaniem tunelu dla konduktów. W 1865 ukazała się pierwsza publikacja opisująca cmentarz (William Justyne). W 1975 cmentarz zamknięto, a był wtedy w bardzo złym stanie technicznym. Planowano likwidację nekropolii i zbudowanie w jej miejscu terenów rekreacyjnych. W 1981 Towarzystwo Przyjaciół Cmentarza (Friends of Highgate Cemetery Trust) stało się oficjalnym jego właścicielem i rozpoczęto prace restauracyjne.