Wczesne lata  Miejsca FC St. Pauli w rozgrywkach po II wojnie światowej

Klub rozpoczął swoją działalność w 1899 roku jako nieformalna grupa entuzjastów piłki nożnej w ramach klubu Hamburg-St.Pauli Turn-Verein 1862, która swój pierwszy mecz rozegrała dopiero w 1907 roku z zawodnikami z lokalnego klubu pływackiego – Aegir. Oficjalnie drużyna piłkarska została założona 15 maja 1910 roku i od tego momentu występowała w rozgrywkach Kreisligi w okręgu Hamburg. W 1924 roku klub zaczął istnieć jako samodzielny klub sportowy. Klub nie wyróżniał się specjalnymi osiągnięciami w rozgrywkach ligowych, dopiero w sezonie 1934/1935 roku zadebiutowała w rozgrywkach Gauligi w okręgu Nordmark (Marchia Północna) – jednej z 16 dywizji na najwyższym poziomie utworzonych w ramach reorganizacji rozgrywek ligowych w III Rzeszy. Już po pierwszym sezonie klub został zdegradowany z rozgrywek, jednak w sezonie 1935/1936 wrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej, z której został zdegradowany w sezonie 1939/1940. Klub ponownie zaczął w najwyższej klasie rozgrywkowej w sezonie 1942/1943, tym razem w rozgrywkach Gauligi w okręgu Hamburg, w której występował do zakończenia II wojny światowej, a po jej zakończeniu klub wznowił udział w rozgrywkach ligowych w 1947 roku w Oberlidze północnej oraz w tym samym roku zdobył mistrzostwo Hamburga. Zajęcie 2. miejsca w sezonie 1947/1948 zagwarantowało Piratom Ligi udział w rundzie finałowej mistrzostwa Niemiec, w których dotarli do półfinału, w którym 25 lipca 1948 roku na stadionie w Mannheim przegrali po 3:2 dogrywce z późniejszym mistrzem Niemiec – FC Nürnberg. Potem klub nadal dobrze prezentował się w rozgrywkach ligowych, jednak nie był stanie wygrać z największymi lokalnymi rywalami – Hamburgerem SV, a w następnych latach pojawily się następne kluby, z którymi klub toczył zaciętą rywalizację: Werder Brema i VfL Osnabrück.

Awans do Bundesligi

W 1963 roku została utworzona Bundesliga – nowa liga zawodowa, będąca od tego momentu najwyższą klasą rozgrywkową w RFN, będącą oficjalnymi mistrzostwami Niemiec. Z Oberligi północnej do Bundesligi zostały dołączone trzy najlepsze kluby w sezonie 1962/1963: Hamburger SV, Werder Brema i Eintracht Brunszwik, natomiast FC St. Pauli zajmując 6. miejsce została dołączona do Regionalligi północnej. W tym samym roku zawodnikiem klubu został togijski napastnik – Guy Acolatse, który został pierwszym czarnoskórym zawodowym piłkarzem w RFN[1][2]. Pomimo triumfów w rozgrywkach ligowych w sezonach 1963/1964, 1965/1966 oraz 1972/1973 klubowi nie udało się awansować do Bundesligi, gdyż klub przegrywał w decydujących meczach rundy barażowej.

Do historycznego awansu doszło dopiero w sezonie 1976/1977 po triumfie w Grupie Północnej w utworzonej w 1974 roku 2. Bundesligi, jednak w sezonie 1977/1978 klub zakończył rozgrywki ligowe na ostatnim – 18. miejscu i tym samym spadł z Bundesligi, jednak po sezonie 1978/1979 mimo 6. miejsca w Grupie Północnej, z powodu problemów finansowych odmówiono klubowi przyznania licencji na występy w sezonie 1979/1980, w związku z czym klub został zdegradowany do Oberligi północnej. Klub mimo triumfów w rozgrywkach w sezonach 1980/1981 oraz 1982/1983 z powodu słabej kondycji finansowej nie przystąpił do rozgrywek 2. Bundesligi, co udało się w sezonie 1983/1984 po zajęciu 2. miejsca w rozgrywkach oraz ustabilizowaniu sytuacji finansowej (zwycięzca rozgrywek – amatorska Werder Brema nie przystąpiła do rozgrywek 2. Bundesligi w sezonie 1984/1985). Jednak klub po zajęciu 17. miejsca w rozgrywkach 2. Bundesligi w sezonie 1984/1985 ponownie spadł do Oberligi północnej, jednak po roku jednym sezonie gry na tym szczeblu rozgrywek, ponownie awansowała do 2. Bundesligi, a w sezonie 1986/1987 po zajęciu 3. miejsca przystąpił do baraży o awans do Bundesligi, w których przegrał rywalizację z FC Homburg (1:3, 2:1). Klub do Bundesligi awansował w sezonie 1987/1988 po zajęciu 2. miejsca w rozgrywkach ligowych.

W sezonie 1988/1989 klub zajął najwyższe miejsce w historii swoich występów w Bundeslidze – 10. miejsce. W sezonie 1989/1990 klub zakończył rozgrywki ligowe na 13. miejscu, a w sezonie 1990/1991 zajął 16. miejsce, w związku z czym przystąpił do baraży o utrzymanie, w których przegrał rywalizację w trzech meczach ze Stuttgarter Kickers (1:1, 1:1, 1:3) i tym samym spadł do 2. Bundesligi. Ponownie do Bundesligi awansował w sezonie 1994/1995. Sezon 1995/1996 zakończył na 15. miejscu, natomiast w sezonie 1996/1997 po zajęciu ostatniego – 18. miejsca, spadł z Bundesligi.

Od 2000 roku  Trybuna południowa Millerntor-Stadion, widok z Budapester Straße (2009)

W sezonie 2000/2001 po zajęciu 3. miejsca w 2. Bundeslidze, klub awansował do Bundesligi. 6 lutego 2002 roku Piraci Ligi sensacyjnie wygrali 2:1 u siebie z obecnym zdobywcą Ligi Mistrzów oraz Pucharu Interkontynentalnego – Bayernem Monachium, w wyniku czego zaczęto produkować koszulki „Weltpokalsiegerbesieger”[3]. Mimo tego klub zakończył rozgrywki ligowe na ostatnim – 18. miejscu i tym samym spadł do 2. Bundesligi, pewnie dlatego, że działacze nie zaufali drużynie która wywalczyła do Bundesligi w sezonie 2000/2001, lecz wydała pieniądze z kontraktów i reklam Bundesligi na drogich, jednak rozczarowujących zawodników. W sezonie 2002/2003 drużyna Piratów Ligi już nie przypominała drużyny z sezonu 2000/2001, w efekcie czego spadła do Regionalligi, zajmując 17. miejsce w tabeli ligowej.

W obliczu ponownego bankructwa i zbliżających się rozgrywek Regionalligi północnej, władze klubu rozpoczęły akcję zbierania funduszy pt. „Retteraktion”. Wydrukowały koszulki z herbem klubowym ze słowami Retter (pol. Ratownik/Zbawca) – sprzedano 140 000 koszulek w ciągu 6 tygodni. Władze klubu zorganizowało mecz benefisowy z Bayernem Monachium w celu zebrania funduszy na ratowanie klubu.

W sezonie 2005/2006 Piraci Ligi sensacyjnie awansowali do półfinału Pucharu Niemiec, wygrywając w drodze do niego z Wackerem Burghausen (3:2 p.d.), z VfL Bochum (4:0), z Herthą Berlin (4:3 p.d.) oraz w ćwierćfinale, rozegranym 25 stycznia 2006 roku u siebie z Werderem Brema (3:1). W półfinale rozegranym 12 kwietnia 2006 roku, Piraci Ligi przegrali u siebie 3:0 z Bayernem Monachium po golu Owena Hargreavesa (15') oraz po dwóch golach Claudio Pizarro (84', 89'). Taki wynik w tych rozgrywkach przyniosło klubowi 1 000 000 euro przychodów ze sponsorów oraz transmisji telewizyjnych, co uratowało klub przed ruiną finansową. Bawarczycy byli również przeciwnikami Piratów Ligi w pierwszej rundzie Pucharu Niemiec 2006/2007, w której 9 września 2006 roku, Piraci Ligi przegrali u siebie 2:1 po dogrywce z Bawarczykami. W sezonie 2006/2007 awansowali do 2. Bundesligi, natomiast w sezonie 2009/2010, a 2 maja 2010 roku po wygranej 4:1 meczu wyjazdowym z Greuther Fürth[4], na 1 kolejkę przed zakończeniem rozgrywek ligowych, zapewnili sobie awans do Bundesligi, zajmując ostatecznie 2. miejsce w tabeli ligowej.

16 lutego 2011 roku Piraci Ligi po raz pierwszy od 1977 roku wygrali na wyjeździe z lokalnym przeciwnikiem – Hamburgerem SV, 1:0 po golu Geralda Asamoaha w 59. minucie[5]. Mimo tego drużyna zakończyła rozgrywki ligowe w sezonie 2010/2011 na ostatnim – 18. miejscu, w efekcie czego spadła do 2. Bundesligi, w której gra do chwili obecnej.