Początki cywilizacji na Malcie sięgają aż 5200 lat p.n.e., gdy trafili tu z Sycylii pierwsi osadnicy. Około 3500 lat p.n.e. w miejscowości Ġgantija na wyspie Gozo została wzniesiona świątynia. Inne świątynie, dolmeny i grobowce powstały później także w innych miejscach archipelagu.

Malta, która jest dogodnym miejscem do kontrolowania centralnego i wschodniego basenu Morza Śródziemnego, na przestrzeni dziejów często przechodziła z rąk do rąk. Około 800 p.n.e. założyli tu swoje osiedla Fenicjanie, a 300 lat później wyspę podbili Kartagińczycy.

W 257 p.n.e. miał miejsce pierwszy atak Rzymian i w 218 p.n.e. Malta przeszła pod władanie Imperium Rzymskiego. W roku 60 n.e. na mieliźnie u brzegów wyspy rozbił się statek przewożący do Rzymu, jako więźnia, św. Pawła, który nawrócił Maltę na chrześcijaństwo. Po podziale Cesarstwa Rzymskiego w 395 roku, wyspa znalazła się w granicach Cesarstwa Zachodniorzymskiego. W latach 454–464 terytorium posiadali Wandalowie, a od 464, Ostrogoci. W 533 roku włączona do Cesarstwa Wschodniorzymskiego, w ramach rekonkwisty Justyniana I.

W 870 została zdobyta przez Arabów.

W 1090 zdobyta przez Normanów i przyłączona do księstwa sycylijskiego, a następnie Królestwa Sycylii.

 Mapa Malty z 1650 roku

W 1530 cesarz Karol V Habsburg przekazał wyspę jako lenno wydalonemu z Rodos zakonowi joannitów (Kawalerów Maltańskich) za opłatą roczną w wysokości jednego sokoła maltańskiego[1]. 18 maja 1565 rozpoczął się atak liczącej około 40 tys.[2] żołnierzy armii Imperium Osmańskiego. Obrońcom, w skład których wchodziło kilkuset rycerzy zakonnych, 2 tys. żołnierzy hiszpańskich i około 6 tys. ludności cywilnej, udało się ten atak całkowicie odeprzeć prawie cztery miesiące później, 8 września (Wielkie Oblężenie Malty). W celu lepszej obrony Wielki Mistrz Jean de la Valette rozpoczął w 1566 budowę nowego miasta na półwyspie Sciberras[3], nazwanego od jego nazwiska Valletta. Miasto to stało się później stolicą Malty.

W 1798 zdążająca do Egiptu flota francuska zaatakowała i zdobyła wyspę. Napoleon Bonaparte nakazał rycerzom zakonu w ciągu kilku dni opuścić Maltę. Po kilku miesiącach niezadowoleni z rządów francuskich mieszkańcy wyspy wzniecili powstanie i wspomagani przez Króla Sycylii i Brytyjczyków w 1800 zmusili wojska francuskie do poddania się.

Malta w latach 1800–1813 była pod protektoratem Wielkiej Brytanii. Trwający od 1814 do 1815 kongres wiedeński ustanowił Maltę kolonią brytyjską. Wyspa stała się brytyjskim „niezatapialnym lotniskowcem” i bazą okrętów podwodnych w czasie II wojny światowej, stwarzając poważne zagrożenie dla dostaw zaopatrzenia dla wojsk Osi w Afryce Północnej. Malta również wymagała dostaw. Wojska Osi „oblegały” wyspę, niszcząc konwoje z zaopatrzeniem płynące na Maltę, intensywnie ją bombardując oraz zastawiając minami. Spowodowało to czasową utratę przez aliantów możliwości podejmowania działań zaczepnych z Malty. Niemcy zrezygnowali jednak z planowanej inwazji koncentrując wysiłki na zdobyciu Egiptu. Po oblężeniu w latach 1940–1942, w uznaniu zasług i męstwa obrońców Malty, wyspa w 1942 została odznaczona najwyższym cywilnym odznaczeniem brytyjskim – Krzyżem Jerzego[4]. Jego wizerunek znajduje się na obecnej fladze Malty, co jest opisane w punkcie 1. I rozdziału maltańskiej konstytucji[5].

 Zniszczenia Valletty po bombardowaniu podczas oblężenia Malty 1940–1942

W 1947 Malta uzyskała autonomię wewnętrzną, a w 1963 proklamowane zostało powstanie państwa maltańskiego. Rok później Malta uzyskała częściową niepodległość jako State of Malta (pol. Państwo Maltańskie) w ramach królewskiej wspólnoty Commonwealth realm, wciąż głową Malty była brytyjska królowa Elżbieta II. Podpisany został też układ obronny z Wielką Brytanią, który zezwalał na utrzymanie na Malcie brytyjskich baz wojskowych. W 1967 układ ten został zerwany i dopiero po czterech latach udało się wynegocjować prowizoryczne porozumienie.

W pierwszych miesiącach 1971, gdy Wielka Brytania zaprzestała płacenia za utrzymanie baz Royal Navy, rząd Malty był finansowany przez Libię[6]. Okres ten przypadł na rządy Doma Mintoffa, którego długoletnie rządy jako premiera są godne uwagi ze względu na wzrost poziomu życia oraz ustanowienie państwa opiekuńczego[7]. 13 grudnia 1974 proklamowana została Republika Malty (Repubblika ta’ Malta). Na początku lat 80. doszło do nacjonalizacji banków, telekomunikacji i transportu oraz uwłaszczenia własności kościelnej[8]. Pod koniec lat 80. doszło do znacznej liberalizacji gospodarki kraju.

1 maja 2004 Malta przystąpiła do Unii Europejskiej. 1 stycznia 2008 przyjęła euro[9][10].

Od 1 stycznia do 31 lipca 2017 roku, Malta przewodniczyła Radzie Unii Europejskiej.