Konkatedra w latach 70. XIX wieku

Decyzję o budowie świątyni podjął w 1572 Jean de la Cassiere, wielki mistrz joannitów[1][2]. Kościół początkowo nosił nazwę w języku włoskim, wówczas używanym na Malcie, „Chiesa Conventuale di San Giovanni Battista”[3]. Kościół został zaprojektowany przez maltańskiego architekta Girolamo Cassara, który był również odpowiedzialny za budowę wielu ważnych budynków w Valletcie[1][2]. Uważa się, że Cassar udał się do Rodos, aby przywieźć plany istniejącego tam kościoła zakonnego, który był już wówczas przekształcony w meczet, aby wykorzystać je jako wzór dla obecnej konkatedry. Jednak Cassar nadal decydował o ostatecznym projekcie i wprowadzał modyfikacje, stając się tym samym jedynym projektantem świątyni[4]. Kiedy w 1577 kościół św. Jana został ukończony, stał się on nowym kościołem konwentualnym Zakonu w miejsce kościoła św. Wawrzyńca w dawnej siedzibie Zakonu, Birgu[2]. Budowa oratorium i zakrystii rozpoczęła się w 1598, podczas rządów Martina Garzesa; obie budowy zostały ukończone przez wielkiego mistrza Alofa de Wignacourta w 1604[5].

Przez pierwszy wiek swojego istnienia wnętrze kościoła było skromnie ozdobione. Jednak w latach sześćdziesiątych XVI wieku wielki mistrz Raphael Cotoner nakazał remont wnętrza tak, aby mogło konkurować z kościołami Rzymu. Kalabryjski artysta Mattia Preti był odpowiedzialny za jego ozdobę, i skutecznie odmienił wnętrze w stylu barokowym[6]. Dobudówki z boku katedry zostały dodane później, widnieje na nich herb wielkiego mistrza Antonio Manoela de Vilheny, który panował w latach 1722–1736[7].

Kościół św. Jana pozostał kościołem konwentualnym Zakonu do czasu, gdy ten ostatni został wygnany z Malty wraz z nastaniem okupacji francuskiej w 1798[6]. Z biegiem czasu kościół został podniesiony do poziomu równego arcybiskupiej katedrze w Mdinie. W latach 20. XIX wieku biskupowi Malty zezwolono na używanie katedry św. Jana jako alternatywnej stolicy, i tym samym formalnie stała się ona konkatedrą[8]. W 1831 Walter Scott nazwał katedrę „wspaniałym kościołem, najbardziej uderzającym wnętrzem, jakie kiedykolwiek widział”[8]. Później, w XIX wieku, Giuseppe Hyzler, przywódca ruchu nazareńskiego na Malcie, usunął część barokowych ozdób katedry, w tym ozdobny ołtarz w kaplicy langue Francji[9]. Fasada katedry została lekko uszkodzona w czasie bombardowania lotniczego w 1941, podczas II wojny światowej, ledwo unikając całkowitego zniszczenia. Zawartość katedry została przeniesiona w inne miejsce przed bombardowaniem, więc żadne dzieła sztuki nie zostały utracone[1][6].

 Remont elewacji konkatedry św. Jana w 2014

Wnętrze katedry odrestaurowano na przełomie lat 80. i 90. XX wieku. W 2001 powołano „St. John’s Co-Cathedral Foundation” w celu zarządzania i konserwacji katedry i jej muzeum. Boczne elewacje świątyni zostały odrestaurowane w latach 2008–2010, a w lipcu 2014 rozpoczęto całkowitą renowację fasady, którą kierował architekt Jean Frendo, mając do pomocy ośmiu konserwatorów. Renowacja centralnej części fasady została zakończona we wrześniu 2015[10], a cały projekt został zakończony w styczniu 2018[11]. W marcu 2020 otwarto do zwiedzania odrestaurowaną kryptę wielkich mistrzów[12], zaś w lipcu 2021 ukończona została kompleksowa odnowa oratorium oraz zaingaurowano nowe Caravaggio Wing (skrzydło Caravaggia) [13]. Dziś katedra jest jedną z najpopularniejszych atrakcji turystycznych na Malcie[6], jest umieszczona w National Inventory of the Cultural Property of the Maltese Islands[9].