Widok ogólny na Rynek Średniowieczne mury miejskie wraz z basztą Synagoga Chewra Bikur Cholim (nieczynna)

Okolice miasta były zamieszkane już w neolicie. W XI wieku teren ten mógł razem z resztą dzisiejszej Słowacji zostać przyłączony krótkotrwale do Polski przez Bolesława Chrobrego, jednak po jego śmierci obszar definitywnie wrócił pod panowanie Królestwa Węgier. U schyłku XII w. na skutek akcji kolonizacyjnej powstał tutaj klasztor cystersów, założony przez zakonników przybyłych z Polski.

Pierwsza pisemna wzmianka o Bardejowie, którą tworzy zapis w tzw. Kronice Ipatijewskiej, pochodzi z 1241. Kolejna wzmianka pisemna, której kopia znajduje się w bardejowskim Archiwum Powiatowym, pochodzi z roku 1247. W dokumencie tym król Bela IV rozstrzyga spory, zaistniałe między niemieckimi osadnikami z Preszowa a bardejowskimi cystersami. Wymienieni są oni jako fratres de Copryvnicia Cisterciensis ordinis, co wskazuje, że zostali oni na te tereny sprowadzeni przez władców węgierskich z Koprzywnicy w ziemi sandomierskiej, gdzie od 1185 r. istniało ich opactwo[1].

Na przełomie XIII i XIV w. w rejonie klasztoru osiedlili się niemieccy osadnicy ze Śląska. W rozwoju osady pomogły przywileje przysługujące miastom, jakie nadał jej w 1320 r. król Karol Robert Andegaweński. Mianowicie, uwolnił mieszkańców tej osady, występującej tu jako Bardfalva, na 10 lat od wszelkich opłat, a po upływie tego czasu miano płacić do skarbu królewskiego po pół wiardunku trzy razy do roku (na św. Jerzego, na św. Mikołaja i na Trzech Króli). Mieszkańcy zostali też zwolnieni z czynszu od siebie i swojego mienia na rzecz wójta. Wójtostwo, w tym dwa łany wolne od opłat i wyłączne prawo stawiania młynów, otrzymał niejaki Wawrzyniec. Jednocześnie dokument ten wyznaczał granice obszaru, jaki ma być własnością miasta. Ziemie te były w następnych wiekach przedmiotem licznych sporów między miastem a okoliczną szlachtą, zwłaszcza właścicielami feudalnego "państwa" z siedzibą na zamku Makowica[2].

Prawdopodobnie jeszcze w XIII w. bardejowski klasztor cystersów zanikł. Nie ma dowodów, aby został zniszczony w trakcie któregoś z najazdów tatarskich. W każdym razie nie ma o nim ani o zakonnikach wzmianki w dokumencie Karola Roberta z roku 1320, jest w nim natomiast wspominany miejscowy pleban, co świadczy o istnieniu kościoła[3].

W XIV i XV w. Bardejów był ważnym ośrodkiem rzemiosła i handlu, zdobywając kolejne przywileje, m.in. prawo składu. Do rozkwitu miasta przyczyniło się jego położenie na szlaku handlowym z Półwyspu Bałkańskiego do Polski i na Ruś. Kupcy bardejowscy sprzedawali w Polsce m.in. wina tokajskie. Już w 1352 r. król Ludwik I nadał miastu przywilej urządzania dorocznego jarmarku na św. Idziego, mającego trwać osiem dni. Król Zygmunt Luksemburski przedłużył ten jarmark w 1403 r. do dwóch tygodni, a w 1427 r. ustanowił drugi jarmark na św. Jana. Król Ferdynand Habsburg w 1563 r. nadał przywilej na dwa nowe jarmarki, mające się odbywać na trzy dni przed św. Maciejem i św. Tomaszem, a także cotygodniowe targi w sobotę[4].

W 1352 r. król Ludwik I kazał otoczyć Bardejów murem obronnym z basztami. W XV w. miasto miało już kompletne mury, w których było 5 bram[5]. W 1365 r. miasto uzyskało prawo miecza[6] – od tej pory mogło wydawać wyroki śmierci i wykonywać je. Miało również swojego kata. W 1376 r. zostało podniesione przez króla Ludwika I do rangi wolnego miasta królewskiego[7]. Jednak w 1412 r. król Węgier Zygmunt Luksemburski zastawił Bardejów za sprawą Ścibora ze Ściborzyc szlachcicowi A. Balickiemu pod pożyczkę 13 000 złotych. W 1477 r. król Maciej Korwin unieważnił zastaw, a podatki nakazał płacić do swojego skarbu.

W ciągu niespełna stu lat od początku XIV do początku XV w. Bardejów urósł do rangi jednego z największych i najbogatszych miast ówczesnych Górnych Węgier. Świadczy o tym fakt, że w 1437 r. w obrębie murów miejskich istniało 517 domów, zamieszkiwanych przez ok. 3000 mieszkańców. Dalszych ok. 300 domów rozlokowanych było na przedmieściach. W tym samym roku w mieście były zarejestrowane 64 rzemiosła, 51 cechów rzemieślniczych i 146 majstrów rzemieślniczych. Od 1453 r. miasto posiadało herb, nadany przez króla Władysława Pogrobowca. Od połowy XV w. Bardejów był członkiem związku pięciu wolnych miast królewskich wschodniej Słowacji – Pentapolitany.

 Ikonostas na ekspozycji ikon w Szaryskim Muzeum w Bardejowie.

Rozwoju miasta nie załamały liczne dotykające go konflikty zbrojne. Podczas wojny polsko-węgierskiej w 1402 r. Bardejów oblegały wojska polskie. W 1430 r. miasto napadli husyci. Później niszczyły je wojny węgiersko-habsburskie i wojny z Turkami.

Szczyt rozwoju Bardejowa przypadł na przełom XVI i XVII w. Z tego czasu pochodzi większość zabytkowych budowli. W mieście od 1539 r. istniało ewangelickie gimnazjum, założone przez Leonarda Stöckela, który także opracował i wydał statut szkoły. Funkcjonowała tu publiczna biblioteka i teatr. Działały dwie drukarnie: pierwsza z nich została założona już w 1548 r. przez wspomnianego L. Stöckela. Papier i pergamin dla nich wytwarzali miejscowi rzemieślnicy[8]. Pod koniec XVII w. miasto zaczęło jednak podupadać, do czego przyczyniły się m.in. toczące się w tych okolicach węgierskie powstania przeciw Habsburgom.

W 1679 r. dotknęła je epidemia, w 1680 r. wielki pożar; podobne katastrofy powtarzały się przez cały XVIII w. W 1725 r. dotknęło miasto trzęsienie ziemi, w wyniku którego m.in. ucierpiała wieża kościoła św. Idziego. Kolejne pożary miały miejsce w 1774 i w 1878 r. - w tym drugim uległo spaleniu prawie całe miasto w obrębie murów obronnych.

Od XVIII w. datuje się lecznicze wykorzystanie okolicznych źródeł mineralnych, w tym rozwój Bardejowskiego Zdroju.

Według danych zebranych przez Eugeniusza Janotę około 1860 r.[9] w samym mieście było 166 domów, w większości murowanych, a wraz z przedmieściami 642. Liczba ludności przekraczała nieco 4 tysiące, z czego 2600 rzymskich katolików, do 200 grekokatolików, 860 protestantów wyznania augsburskiego i 480 żydów. Rzemieślnicy bardejowscy zrzeszeni byli w 24 cechach, z czego najwięcej było ciżmarzy (54), tkaczy (40), garncarzy (24), kapeluszników (20) i bednarzy (18). Pracowali także jeszcze m.in. mydlarze, powroźnicy, siodlarze, rymarze, grzebieniarze, złotnicy czy piernikarze. Wymieniono również 36 koszykarzy, zajmujących się pleceniem rozmaitych koszy - byli to z reguły murarze, cieśle itp, którzy w zimie nie mieli innej pracy. W 1786 r. cesarz Józef II ustanowił jeszcze dwa kolejne jarmarki, na św. Józefa i na św. Teresę oraz drugi (oprócz soboty) dzień targowy we środę[10].

Impulsem do ponownego rozwoju miasta było połączenie go linią kolejową z Preszowem w 1893 r. W 1910 r. miasto miało 6,6 tys. mieszkańców, z czego 2,6 tys. Słowaków, 2,2 tys. Węgrów i 1,6 tys. Niemców[potrzebny przypis]. I i II wojna światowa ominęły miasto. Po II wojnie światowej w mieście powstały liczne zakłady: przemysłu maszynowego, obuwniczego, skórzanego, meblarskiego i spożywczego. W latach 50. XX w. ruszyła odbudowa i renowacja starówki.

Zastój w rozwoju miasta w XVIII i w XIX w. pozwolił na zachowanie wielu zabytków, które przy intensywnej urbanizacji zapewne uległyby zniszczeniu. Z tego powodu w 1950 r. centrum Bardejowa ogłoszono rezerwatem miejskim.