De oorsprong van de stad ligt in de 8e eeuw v.Chr., toen op een plateau twee kilometer ten zuidwesten van de huidige stad de plaats Carsac werd gebouwd, een grote versterkte handelsnederzetting. Deze handelsnederzetting, of oppidum, maakte deel uit van een netwerk van oppida tussen de Middellandse Zee en de Atlantische Oceaan. Aan het eind van de 7e eeuw v.Chr. vond een uitbreiding plaats, tot de stad uiteindelijk een oppervlakte van ca. 30 ha besloeg. Naast resten van ringgrachten en verdedigingswerken zijn ook graansilo's en keramiek gevonden, die getuigen van een zekere welvaart.

De Romeinen namen in de 2e eeuw v.Chr. de streek in bezit. Vanwege de strategische ligging aan de grote handelsroute, door de Romeinen bestraat en Via Aquitania genoemd, bouwden ze een castellum ten noorden van de nederzetting. Deze kreeg de naam Carcaso. De Romeinse nederzetting werd in de 1e eeuw v.Chr. door Julius Caesar verheven tot hoofdplaats van een colonia met de naam Julia Carcaso, hetgeen betekende dat de nederzetting stadsrechten kreeg en de inwoners Romeins staatsburger werden. Dit bleek aantrekkelijk genoeg voor de inwoners van Carsac om hun intrek te nemen in de Romeinse stad en de oude nederzetting raakte ontvolkt. In de nadagen van het Romeinse Rijk in de 4e eeuw, voorafgaand aan de Grote Volksverhuizing, besloot men een stadsmuur op te trekken om beter tegen eventuele aanvallen te zijn beschermd. De stad werd binnen de muren opnieuw opgebouwd. De binnenste stadsmuur komt in aanleg grotendeels uit deze tijd.

In 326 namen de Franken de stad in, maar de Romeinen wisten ze na korte tijd weer te verdrijven. Na de definitieve val van het West-Romeinse Rijk in de 5e eeuw namen de Visigoten de stad in bezit. Zij versterkten de muren verder, voornamelijk door via uitgravingen aan de voet van de vestingmuur deze te verhogen. Zo kwam de oudere Romeinse muur boven de eronder gemetselde Visigotische muur te liggen. Carcaso heette voortaan Carcassona. Na de val van Tolosa, tegenwoordig Toulouse, als hoofdstad van het Visigotisch koninkrijk werd de stad een belangrijke grenspost bij het koninkrijk der Franken. In 712 wordt Carcassonne voor het eerst door de Moren geplunderd, die onder leiding van Moussa-ben-Houssar een strooptocht ondernamen. Na hun inval op het Iberisch Schiereiland in 711 vertoonden ze zich voor het eerst over de Pyreneeën.

Na korte tijd bezet te zijn geweest door de Saracenen werd de stad in 759 door de Frankische koning Pepijn de Korte veroverd. Uit deze tijd stamt de legende van Dame Carcas. Hierna werd Carcassonne de hoofdstad van een burggraafschap dat leenplichtig was aan de graaf van Toulouse. In de tiende eeuw werd de stad geregeerd door de Oliba-dynastie, in de elfde eeuw door de Commingues-Couserans, gevolgd door de Trencavels. Deze familie had al de burggraafschappen Béziers en Albi in bezit. Bernard Aton Trencavel, burggraaf van 1074 tot 1129, liet het huidige Château Comtal bouwen en nam een aanvang met de bouw van de St. Nazaire-kathedraal.

 

Katharen worden verdreven uit Carcassonne (1209)

Tijdens de regering van Raimond-Roger Trencavel was de stad in 1209 het slachtoffer van de Albigenzische Kruistochten. In de maand juli werd de stad gedurende 40 dagen door het kruisleger belegerd. Door watergebrek moest de stad zich overgeven. Raimond-Roger gaf zich over op voorwaarde dat de bevolking een vrije aftocht kreeg. Enige maanden later stierf hij onder verdachte omstandigheden in de kerker van het kasteel. Simon de Montfort, de leider van de kruistocht, werd door de Franse koning tot burggraaf benoemd. Na zijn dood nam graaf Raymond VII van Toulouse de stad in bezit. Koning Lodewijk VIII stuurde echter het leger op de stad af en na een beleg in juli 1226 werd de stad ingenomen.

 

brug over de Aude en zicht op de Cité

Met het Verdrag van Meaux in 1229 ging het burggraafschap Carcassonne definitief over tot de domeinen van de Franse koning. Deze benoemde een seneschalk om in zijn naam de stad te besturen.

Carcassonne vormde vanaf nu de belangrijkste Franse verdediging tegen de ambities van de koning van Aragon, die bezig was zich gebieden in het zuiden van Frankrijk te verwerven. De grens tussen beide koninkrijken lag op dat moment op ca. 50 km ten zuiden van Carcassonne en volgde globaal de noordgrens van de Pyreneeën. De verdedigingswerken werden gemoderniseerd: zo kreeg het Château Comtal een extra verdedigingslinie en vormde het een 'vesting in een vesting'.

Aan de westkant van de stad begon men met het vrijmaken van een dwingel en de aanleg van een tweede, verder afgelegen, muur. De oude stadsmuur werd gerestaureerd en voorzien van kantelen en schietgaten en er werden een aantal nieuwe torens en poorten gebouwd, waaronder de indrukwekkende Porte de l'Aude.

In 1240, tijdens de regering van koning Lodewijk IX, beter bekend als Lodewijk de Heilige, probeerde Raymond II Trencavel, de zoon van de in de kerker gestorven Raymond-Roger, de stad met behulp van de bevolking in te nemen. De aanval werd echter afgeslagen. De grote voorsteden die vanaf ca. 1000 aan de oostzijde van de cité zijn ontstaan lagen grotendeels in puin. Als straf voor hun medewerking aan de revolte werd de gehele bevolking van de stad verbannen en liet de koning het restant van de voorsteden afbreken. Zo kwam er aan de oostkant van de cité ook ruimte vrij voor aanleg van een dwingel en tweede stadsmuur. In 1246 werd Raymond Roger II gedwongen af te zien van zijn rechten op het burggraafschap.

Tijdens de heerschappij van koning Filips de Stoute werden de werkzaamheden voltooid: de tweede muur werd afgebouwd, en de buitenste en binnenste muur werden op strategische plekken voorzien van grote nieuwe torens. De indrukwekkende Porte Narbonnaise, ook nu nog de belangrijkste toegang tot de cité, vormde het sluitstuk.

Lodewijk de Heilige gaf in 1248 aan de verdreven bewoners van de voorsteden het recht om aan de overzijde van de Aude een bastide, een nieuwe stad te stichten, de Bastide Saint Louis. Rondom een centraal marktplein werd een stad op een zeshoekig grondplan opgebouwd met zijden van 1000 m en een recht stratenpatroon. De stad werd verdeeld in twee parochies: St. Michel en St. Vincent. De stad werd een belangrijk centrum voor de textielindustrie.

Begin 1300 kwamen de inwoners van de stad onder de leiding van Bernard Délicieux in opstand tegen de inquisitie. De 14e eeuw bracht vervolgens eerst de pest en daarna de hongersnood. Bovendien brak in 1337 de Honderdjarige Oorlog uit. De stad werd in november 1355 geplunderd en platgebrand door de Zwarte Prins. Men wist de stad op een wat kleiner oppervlak snel weer op te bouwen, ditmaal kreeg ook de nieuwe stad een muur. De oude houten brug over de Aude tussen de oude en nieuwe stad werd vervangen door een stenen brug.

De stad bloeide als nooit tevoren, maar met de Vrede van de Pyreneeën kwam in 1659 een eind aan de verdedigende functie van de stad. In het verdrag kwamen de koningen van Frankrijk en Spanje een nieuwe grens overeen, die 40 km zuidelijker liep. Er werd niet meer geïnvesteerd in onderhoud van de versterkingen. In de 18e eeuw verruilden de notabelen dan ook de bovenstad voor de benedenstad, waar prachtige nieuwe patriciërshuizen werden gebouwd.

Bij de aanleg van het Canal du Midi, vanaf 1680, maakte het stadsbestuur een inschattingsfout. Men was niet bereid om geld te investeren om het kanaal door de stad te laten lopen. Daardoor deelde de stad niet in de economische opleving die het kanaal elders in de regio teweegbracht. Men zag de inschattingsfout in, maar het zou nog tot 1780 duren tot het kanaal door de stad werd verlegd. Na 1800 verliep de handel via het kanaal vanwege toename van de handel over zee.

In 1803 maakte de bisschop van Carcassonne van de St. Michel in de nieuwe stad, aan de rivier de kathedraal ten koste van de St. Nazaire in de cité. In 1820 schrapte de Franse regering de cité van de lijst van vestingen. Wegens gevaar voor de bevolking door achterstallig onderhoud besloot de Franse regering in 1840 tot ontmanteling van de cité.

De geest van de romantiek was echter uit de fles: alles wat middeleeuws of gotisch was kwam in de mode. Historicus Jean-Pierre Cros-Mayrevieille en schrijver Prosper Mérimée voerden een campagne om de vestingstad als monument te behouden. De actie had succes. De architect Eugène Viollet-le-Duc werd aangewezen om de restauratie uit te voeren. In 1844 begon hij met de restauratie van de kathedraal van St. Nazaire en in 1853 met die van de hele cité. In 1865 werd de restauratie van de kathedraal voltooid en 1879 die van het geheel.