Skara Brae er en forhistorisk bosetning i Bay of Skaill på vestkysten av øya Mainland på Orknøyene, Skottland. Bosetningen består av åtte steinhus, og det er antatt at bosetningen var i bruk mellom 3180 og 2500 f.Kr. Husene er bygget i en klynge, og arkeologer beregner at bosetningen på det meste huset 50 til 100 personer.

Skara Brae har, på grunn av bosetningens godt bevarte tilstand, blitt omtalt som «Skottlands Pompeii». På grunn av den omsluttende sanden, samt bygningenes kuldeisolering, er bygningene gjennom årtusener bevart i en bemerkelsesverdig god stand.

Bosetningen ble oppdaget ved at de voldsomme stormene som tidvis herjer Orknøyene, har avdekket bygningene. Dette skjedde i 1850, og igjen i 1924. Bosetningen ble objekt for utgravninger på slutten av 1850-tallet, samt fra 1928 til 1930. En forsiktig arkeologisk utforskning ble foretatt først på 1970-tallet.

Skara Brae ble tatt opp på UNESCOs verdensarvliste i 1999 sammen med Maeshowe, De stående steiner ved Stenness og Ring of Brodgar under fellesnavnet Heart of Neolithic (Hjertet av de neolittiske Orknøyene), og er i dag en av fem skotske verdensarvsteder.