Ji ber cihên xwe, herêma ku niha ji Kolombiya korîdorên koçberiya mirovan ji Mezoamerîkayê û li Karîbê ber Andes û Amazon zûtir bû. Arkeolojîkên malperên Pubenza û El Totumo di Geliyê Magdalena ku 100 km dikeve başûrê rojavayê Bogotá kevntir dibînin.

Ev malperana ji heyama Paleoindian (18,000-8000 de BZ) ye. Li Puerto Hormiga û malperên din jî, şopên ji serdema Arkaîk (~ 8000-2000 BZ de) hatin dîtin. Kevneşopên li herêmên El Abra û Tequendama ya li Cundinamarca nîşan didin ku dagirkirina zû bûn. Ji kevintirîn kûzxane li Amerîkayê li ba San Jacinto ji dewrana 5000-4000 BZ de vedîtin.

Li axa Kolombiyayê ya îro bi bazirganiya navxweyî û qeytanên zêr li herêmê re eleqedar bûn. Li vir Împaratoriya Înkayê, Muisca, Tayrona, Sinú, Quimbaya û San Agustín çanda ji bo sedsalan jiyandin.

Bi navê Krîstofor Kolumbus qet behsa axa Kolumbus lingê nedanîn. Axa Kolombiyayê, di destpêka sedsala 16an de Gonzalo Jimenez de Quesada û Sebastian de Belalcázar ji aliyê fermandarkirina spanî hatiye dîtin û nav koloniyên de hatiye guhertin. Rodrigo de Bastidas di sala 1525an de bajarê Santa Marta ava kir. Piştî vî bûyerê welat di peravên bakurê deryaya Karîbê de li pey bajarê Cartagena ava bû. Di sala 1538an de şêniyên Gonzalo Jimenez de Quesada bi dayîna navê cîwarê Bacatá rizgarkirin û di vir de bajarê Bogotá damezrandin.

Heta sedsala hîjdehê, welat ji aliyê Hispanikên spiyan de biryar hat girtin. Hingê di şerê ji bo serxwebûnê li Amerîkaya Bakur û şoreşên Fransayê bêhtir xurt dest pê kir. Di sala 1808an de Napoleon şerê serxwebûnê koloniyên Spanî yên li Parzemîna Amerîkayê îlankirin, dema ku Spanya hatiye dagirkirin. Bi vî awayî, Simón Bolívar serkêşiya hêzên serxwebûna xwe li Cartagena û Kolombiyayê ya di sala 1821an de bi navê Kolombiyaya Mezin vegirtina li Kolombiyaya îro, Ekuador, Panama û Venezuela federasyon îlan kirin. Di sala 1829an de Venezuela û di sala 1830an de Ekuador ji federasyonê derketin.

Di sala 1886an de, welat û parzemîn ji aliyê Columbus hatibû keşif kirin û bi navê Komara Kolombiya hatibû îlan kirin. Di sala 1903an de, ku welatê Panama parmendekî vî axê ye, dewletekî serbixwe ya ji Kolombiyayê bi alîkariya Amerîkayê ji hev veqetiyan. Panama di heman salê de xwedî mafê bikaranîna Cihoka Panamayê da Dewletên Yekbûyî yên Amerîkayê. Ji ber vê cudabûnê heta sala 1921an berdewam bû, ku di navbera Kolombiya û Dewletên Yekbûyî yên Amerîkayê hatiye jiyandin. Piştî vê dîrokê di rêveberiya Kolombiyayê de herdû partiyên mezin wek Partiya Kevneperestî û Partiya Lîberal serdest bûn. Lê, bi pevketina di navbera her du partiyan lihevketinên navxweyî û rêveberiya ji aliyê dîktatoriyê ji bo demekî dirêj bû sedema welat. Lihevketinên navxweyî, ku di dema niha de ji aliyê hikûmeta sivîl a li Kolombiyayê tê îdarekirin berdewam dike.

Tevlihevekî mezin li Kolombiyayê ji sala 1948an heta sala 1953an de pêk hat. Violencia bi navê şîdetekî pevçûnê de qewimiye. Di sala 1950an de, hikûmeta kevneperest ên Mariano Ospina Pérez li ser kevneperestê din Laureano Gómez ku bi cîgirê wî Roberto Urdaneta re rêveberiya zexm pêşandan. Di dema erkeya sê-salî de tê texmînkirin ku 80.000 kesan jiyana xwe ji dest da. Violencia, heta sala 1963an berdewam kir. 200.000 kes di vê demê de hatine kuştin. Komekî gerîlayên çepgir ên FARCê têkoşîna li dijî Violencia dan destpêkirin. Di sala 12 tebax 2002an de Serok Álvaro Uribe Vélez ji ber bûyerên li welat Rewşa awerte ji bo 90 rojan îlan kir.