기원전 5세기경, 이집트와 블레미스(Blemmyes)사이의 완충지대로 메로에를 지원했다. 기원후 350년 경, 아비시니아의 군대가 메로에를 멸망시켰고 이로써 수단지역 최초의 독립왕국이 붕괴했다. 18세기에 영국·이집트의 공동관리라는 명분하에 영국의 식민지가 되었다. 2차세계대전이 끝난 후 11년 만인 1956년 영국과 이집트로부터 독립했다.

2011년 1월 9일에서 15일까지 남수단의 독립을 위해 수단 전체 국민 투표를 하여 99.8%의 찬성을 얻었다. 이에 따라, 2011년 7월 9일 수단에서 남수단이 분리 독립하였다. 그러나 남수단의 석유지대, 남북 수단의 종교 갈등 등 여러 정치적 문제 및 경제적 이권 때문에 갈등이 일어날 가능성이 높다.