19世紀にゴンドコロ（英語版）と名付けられた交易所兼施設が現在のジュバの郊外に置かれた。ゴンドコロはハルツームの南1,200kmで白ナイル川東岸にあった。ここはオスマン帝国の駐屯地としては最南端に位置していたが、マラリア（黒水熱）に苦しめられた。19世紀半ばにオーストリア人の宣教師がこの地に入り、探検家のジョン・ハニング・スピークとジェイムズ・オーガスタス・グラント（英語版）は1860年にザンジバルからウガンダに入り1863年にゴンドコロに入った。彼らを当地で紅茶で出迎えたサミュエル・ベイカー（英語版）はゴンドコロをベースにしており、1863年から1873年まで南スーダンと北ウガンダを探検した。1922年にギリシャ人の貿易商がこの地に入り白ナイル川西岸に町を作った。それが現在のジュバである。彼らは現地の部族と良好な関係を構築し、今日のジュバの商業地区を建設した。彼らの建てた銀行やホテルは現在も使用されている。

1899年以降はエジプトとイギリスの両国による共同統治下の「英埃領スーダン」となった。南部スーダンを支配していたイギリスは、南部をウガンダと統合させようと望んだが、1947年のジュバ会議での合意により南北スーダンの統合が決められた。1955年ジュバでの南部兵士の反乱が第一次スーダン内戦（1955年 - 1972年）に発展し1972年まで続いた。第二次スーダン内戦（1983年 - 2005年）中もジュバは多くの戦いの焦点となった要衝であり、北部による要塞都市と化していた。2005年にスーダン人民解放軍がジュバを制圧し、包括的和平合意により臨時首都のルンベクに代わり南部スーダンの恒久的首都とされた。和平によりケニアに置かれていた国際連合人道問題調整事務所 (OCHA) などの南部スーダンでの任務のための国連の施設や NGO がジュバに移転し OCHAキャンプと呼ばれており、国連関係者や復興事業の関係者がジュバに集まっている。2011年7月9日に分離独立を果たすとその首都となった[1]。

2011年、国際連合南スーダン派遣団として各国のPKO部隊がジュバに駐留。日本の自衛隊南スーダン派遣も始まった。

2013年12月14日、クーデター未遂事件が発生。軍部の武力衝突がディンカ族とヌエル族の抗争となり、市民が数百人規模で死亡する騒乱となった。首謀者の一部が拘束されたことにより同月18日には小康状態を取り戻している[2] 。