ダンブッラの黄金寺院の歴史は紀元前3世紀にまで遡る。その当時から、ダンブッラの黄金寺院は、最大規模でかつ最も重要な僧院として機能していた。僧院を寺院へとして転換したのは紀元前1世紀の王ワッタガーマニー・アバヤ（シンハラ朝第19代国王、在位紀元前89年から紀元前77年）である。彼は、タミル人の手によって、アヌラーダプラから追放されたが、ダンブッラで保護され、15年後には、再び、アヌラーダプラに帰還した。その感謝の念を持って、僧院は寺院へと発展を遂げた。

その後も、ダンブッラの寺院には多くの増築が施された。その結果として、ダンブッラの黄金寺院は、スリランカを代表する仏教寺院へと発展を遂げることとなった。ポロンナルワの王統で最後の王であるニッサンカ・マッラ、在位1187年-1196年）は、寺院を金箔で飾り、また、1190年には、70対の仏像を寺院に納めている。

18世紀には、キャンディ王国の手によって、石窟寺院の修復作業が行われた。