È stata fondata nel 1868 per iniziativa di Ludovico II di Baviera. Dal 1877 assunse il nome di Königlich Bayerische Technische Hochschule München. Il passaggio da Hochschule (scuola universitsaria professionale) ad Universität (Università) è del 1970.

La sede di Weihenstephan entrò a far parte della allora Technische Hochschule nel 1930: fino ad allora si trattava di un istituto separato, nato nel 1804 e elevato al rango di accademia (Kgl. Bayerische Akademie für Landwirtschaft und Brauereien, in italiano Regia Accademia Bavarese per l'agricoltura e l'arte birraia) nel 1895.

Il polo di Garching è invece nato nel 1957, nella tarda fase di ricostruzione cominciata nel 1946, dopo che, nel corso della seconda guerra mondiale, era andato distrutto l'80% degli edifici dell'università.