Come attestato dai ritrovamenti archeologici, tutta la zona fu abitata sin dalla preistoria, vi furono poi anche i Romani, e si pensa che l'antica Evencia sorgesse proprio dove si trova l'attuale San Vicente.

Nel medioevo, che fu il periodo di maggior splendore, la città fu importante tappa del Cammino di Santiago di Compostela traendone benefici economici. Alfonso I fece ripopolare la zona, costruire il centro storico del capoluogo e il castello. Il primo documento scritto su San Vicente è del XIII secolo e fu redatto in occasione della concessione da parte del re Alfonso VIII del Fuero cioè dello statuto comunale con i doveri verso la monarchia e i diritti e le prerogative del comune.

Nel XVII secolo gli incendi, le guerre e la peste causarono un progressivo regresso da cui San Vicente si riprese solo nel XIX secolo. L'avvento del turismo di massa è stato da impulso all'economia migliorando i servizi e le vie di comunicazione.

Il capoluogo è stato dichiarato Bien de Interès Cultural de Cantabria e il suo centro storico Conjunto de interès historico artistico.