L'idea di creare una riserva naturale nell'area del corso superiore della Pečora per farne uno zakaznik («santuario») per lo zibellino venne proposta nel 1915 da S. T. Nat, Capo delle guardie forestali del governatorato di Vologda, in un articolo sul Lesnoj Žurnal («Il Giornale della Foresta»). La riserva naturale venne istituita il 4 maggio 1930 e inizialmente si estendeva su 11.350 km². I suoi confini furono poi fissati il 30 luglio 1931.

Inizialmente la sede principale della riserva venne posta nel villaggio di Ust'-Ilyč, situato nel punto in cui l'Ilyč confluisce nella Pečora. Tuttavia, dal momento che accedere a quella località era estremamente difficile, nel 1935 la sede venne trasferita nel villaggio di Jakša, più a monte lungo la Pečora ma più vicino al bacino della Kama, all'epoca la principale via di comunicazione con l'esterno.

Nel 1951 la riserva venne fortemente ridimensionata e ridotta ad appena 930 km²: inoltre la sua superficie non era più contigua, ma una piccola sezione di pianura nei pressi di Jakša si trovò separata dalla sezione di montagna. Nel 1959 l'area della riserva venne aumentata fino a raggiungere le dimensioni attuali (7213 km²), ma tuttora le sue parti non sono contigue. Per garantire migliore protezione alla riserva, nel 1973, al di fuori di essa, venne creata una zona cuscinetto di 324 km² che gode di uno status simile a quello di una foresta nazionale degli Stati Uniti; le dimensioni di quest'area vennero ulteriormente incrementate nel 1984 di altri 330 km².

A partire dal 1986 la riserva è stata classificata dall'UNESCO come riserva della biosfera facente parte della Rete mondiale di riserve della biosfera. Nel 1995 la zona di foresta che comprende la riserva naturale della Pečora e dell'Ilyč e il suo vicino settentrionale, il parco nazionale di Jugyd va, vennero riconosciuti patrimonio dell'umanità dall'UNESCO, con il nome di Foresta vergine di Komi.