La località di Pirano viene citata per la prima volta dall'Anonimo Ravennate nel VII secolo, col nome di Piranòn (Πιρανὸν). Non sono note informazioni sulla nascita e lo sviluppo dell'insediamento originario, anche se si può supporre sia stata fondata nel periodo finale dell'Impero Romano con l'arrivo di popolazioni che sfuggivano alle invasioni barbariche. Secondo la tradizione, Pirano sarebbe infatti sorta, come Venezia, come insediamento per profughi aquileiesi fuggiaschi di fronte agli Unni.[1] Stando alle descrizioni di Teopompo e Floro, l'area di Pirano sarebbe stata conosciuta dai Greci fin dal IV secolo a.C., e sarebbe poi stata incorporata allo stato romano insieme al resto dell'Istria nel II secolo a.C.. Alla caduta dell'Impero d'Occidente sarebbe nato un primo nucleo abitato che, per la sua favorevole posizione, passò indenne dai sommovimenti della fine del V secolo e di quello successivo. L'Istria entrò a far parte del Regno ostrogoto e poi all'Esarcato d'Italia, a seguito della riconquista dell'Italia da parte dell'Impero romano d'Oriente. Successivamente l'Istria venne annessa al Regno longobardo sotto re Astolfo. Quando nel 774 Carlo Magno divenne re dei Longobardi, dopo aver sconfitto re Desiderio, l'Istria restò autonoma fino a che non venne conquistata nel 788 da Pipino, figlio di Carlo. Durante l'età carolingia la marca d'Istria, inclusa Pirano, fu parte del Regnum Italiae, restando a lungo nell'orbita della marca di Verona. Insieme a quest'ultima venne assegnata al duca di Baviera Enrico da suo fratello Ottone I di Sassonia, che voleva garantirsi libero accesso alla penisola italiana nel caso volesse intervenire contro Berengario II d'Italia. Nel 978 l'imperatore Ottone II assegnò al duca di Carinzia Ottone la marca di Verona, dalla quale la marca d'Istria venne scorporata e assegnata al margravio di Carniola Poppo I nel 1040, per volontà dell'imperatore Enrico III.

Sul finire dell'età bizantina iniziarono a emigrare nelle campagne istriane i primi nuclei di slavi, che dovettero consolidarsi sul territorio durante la dominazione carolingia (iniziata nel 788) tanto da indurre un dignitario locale, che partecipava al Placito del Risano come rappresentante di un "castello", a protestare per l'insediamento di genti slave in varie zone dell'entroterra istriano.

Il XII e il XIII secolo, dopo altri periodi di turbolenza, dal graduale avvicinamento della cittadina alla Repubblica di Venezia, allora in piena ascesa economica e demografica, prima sotto forma di rapporti commerciali e diplomatici, poi mediante una vera e propria unione politica, suggellata in modo definitivo nel 1283. Ebbe così inizio il lungo sodalizio fra Pirano e la Serenissima, che ebbe termine solo con la caduta di quest'ultima nel 1797.

Circondata da possenti muraglie, Pirano resistette a vari assalti pirateschi o di nemici di Venezia, respingendo due assedi genovesi nel 1354 e nel 1379.

Dotata di un proprio statuto fin dal 1270, Pirano si resse anche nel periodo veneziano in maniera semi-autonoma: a capo del territorio era preposto un delegato veneziano, che abbinava le funzioni giurisdizionali a quelle di governo vero e proprio; a suo fianco, un consiglio dei nobili locali ne condivideva ed indirizzava le scelte.

Una serie di epidemie che colpirono Pirano in questi secoli: l'ultima fu la grande pestilenza che nel 1558 ridusse di due terzi i suoi abitanti.

L'economia piranese fu legata ai commerci e alle vicine saline di Fasano, Strugnano e Sicciole, anche se i rapporti con le vicine località di Castelvenere, Buie e Capodistria rimasero sempre turbolenti per motivi di confine o di diritti di sfruttamento dei vari territori.

Allorché Trieste divenne il porto principale dei domini degli Asburgo, il declino di Venezia segnò anche il regresso dell'industria salinaria e per Pirano iniziò una lenta parabola discendente, finché - dopo la caduta della Serenissima nel 1797 - passò all'Austria, salvo una breve parentesi napoleonica, durante la quale fu sottomessa al distretto di Capodistria.

  Lo stesso argomento in dettaglio: Rivolta di Pirano.

Nei primi decenni dell'Ottocento l'attività salinaria riprese l'antico vigore: Pirano divenne un porto succedaneo di Trieste e fu in quel periodo che - verso Portorose - sorse il cantiere navale cittadino. Città abitata in maniera quasi esclusiva da italiani, Pirano partecipò alle lotte fra italiani e slavi (sloveni e croati) per l'esercizio del potere nella penisola istriana, insorgendo nel 1894 contro l'imposizione di tabelle bilingui (italiano - slovene) da parte del governo austriaco.

Nella seconda metà del XIX secolo, Pirano risentì positivamente dei flussi turistici, che fecero della vicina Portorose uno dei luoghi di maggior richiamo dell'intero Impero Austroungarico.

Evacuata in parte durante la Grande Guerra, Pirano venne in seguito assegnata all'Italia. Il periodo italiano non fu caratterizzato da particolari eventi.

Alla fine della seconda guerra mondiale, dopo l'occupazione tedesca, Pirano venne inserita nella zona B del Territorio Libero di Trieste, soggetto all'amministrazione militare jugoslava. A seguito del Memorandum di Londra del 1954, la quasi totalità della popolazione autoctona di Pirano esodò, sostituita da popolazioni jugoslave dell'interno, in maggioranza slovene ma anche croate e bosniache.

L'esodo causò una vera e propria cesura nella storia piranese: i pochi italiani rimasti coltivarono le antiche memorie cittadine, ma il volto della città venne completamente stravolto: la lingua, le antiche credenze popolari, le feste religiose, le tradizioni artistico/artigianali sparirono quasi completamente. Solo in anni recenti, dopo l'indipendenza slovena, si è sviluppato timidamente un tentativo di recupero delle antiche radici, per lo meno sotto il profilo della conoscenza storica e diffusione.