La nascita della Via Alpina affonda le sue radici nella firma, nel 1991, della Convenzione delle Alpi, un trattato con cui l'Unione europea e gli otto Paesi alpini (Austria, Francia, Germania, Italia, Liechtenstein, Principato di Monaco, Slovenia, Svizzera) ufficializzavano l'intenzione comune di garantire uno sviluppo sostenibile dell'ambiente alpino in un'ottica transnazionale ed interregionale.

In quest'ambito, nel 1999 l'associazione francese Grande Traversée des Alpes propone la creazione di un tracciato escursionistico che attraversi tutti i paesi; il progetto riscuote l'approvazione di tutti i firmatari della Convenzione. Nel 2000 si formano gli organi di gestione del progetto, in particolare il Comitato Internazionale di Pilotaggio (CIP), e viene scelto il nome del progetto, appunto Via Alpina.

La prima fase di attività si svolge tra il 2001 ed il 2004, imperniata sul principio della valutazione delle risorse esistenti. Il tracciato viene definito su sentieri già presenti, sui quali vengono apposti i segnali della Via Alpina; vengono anche avviate le convenzioni con i posti tappa, strutture ricettive analoghe ai gîte d'étape della Grande Traversée des Alpes (che già avevano ispirato i posti tappa GTA in Piemonte), presso i quali vengono apposti appositi cartelli informativi. Nel contempo, si predispone anche la parte di documentazione: opuscoli, cartografia a diverse scale, sito internet. Completata questa fase, ne ha inizio una seconda, dal 2005, più centrata sulla valorizzazione dell'iniziativa a livello locale: scopo di questa fase è quello di aiutare gli enti locali ad utilizzare la Via Alpina per migliorare l'offerta turistica.[1]