Lo stesso argomento in dettaglio: Fasil Ghebbi.

Fino al XVI secolo i negus non erano soliti avere una città come capitale fissa. Muovendosi continuamente attraverso i loro domini, preferivano vivere in lussuosi accampamenti temporanei; il sostentamento della famiglia reale, della guardia imperiale e della corte era garantito attraverso l'esazione di una tassa sulle coltivazioni e sulla legna, pagata dai contadini e dai ras locali. Dal pagamento di questa imposta era esentato il monastero di Debre Berhan, fondato da Zara Yaqob nel 1456.

A partire dall'Imperatore Minas nel 1559, i sovrani d'Etiopia iniziarono a trascorrere sempre più di frequente il periodo primaverile presso il Lago Tana. Questi accampamenti, che fiorirono come città per un breve periodo, includevano Emfraz, Ayba, Gorgora e Dankaz.

Gondar venne fondata dall'Imperatore Fasilide attorno al 1635 e crebbe come centro agricolo ed emporio commerciale. Non si sa molto riguardo al nome; una comune superstizione afferma che, nel momento in cui il negus decideva il luogo ove fondare la capitale, questa doveva avere quale lettera iniziale del nome la G. Secondo questa credenza, il negus battezzò così la nuova capitale Gonder (inizialmente pronunciata come Gander); allo stesso modo venne deciso il nome della città di Gorgora (inizialmente Gargara), sviluppatasi dopo il 1600. Sempre secondo la tradizione, fu un bufalo a condurre l'Imperatore Fasilide presso uno stagno vicino ad Angereb, dove un venerabile vecchio eremita avrebbe predetto all'Imperatore che egli avrebbe fondato la capitale proprio in quel luogo. Fasilide fece bonificare lo stagno e vi costruì il proprio castello[1]. L'Imperatore fece anche realizzare sette chiese; le prime due, Fit Mikael e Fit Abbo, furono costruite per porre fine a delle epidemie. I cinque imperatori che gli succedettero sul trono fecero costruire anch'essi i propri palazzi a Gondar.

Nel 1668, in seguito a un concilio della chiesa locale, l'Imperatore Giovanni I ordinò che gli abitanti di Gondar fossero divisi per religione: i musulmani vennero spostati nell'arco di due anni in un quartiere apposito, chiamato inizialmente Islamge (in amarico "Luogo dell'Islam") o Islam Bet ("Casa dell'Islam") e in seguito Addis Alem.[2] Si ritiene che nel XVII secolo la popolazione di Gondar superasse le 60 000 persone: nel 1678, il vescovo armeno Hovannes, in visita alla città, notava che Gondar era "due volte più grande di Istanbul".[3] Molti degli edifici di questo periodo sono sopravvissuti nonostante i tumulti e la decadenza del diciottesimo secolo. Durante il regno di Iyasu I (1682-1706), la città di Gondar acquisì una propria identità civica: nonostante l'ordine dell'imperatore rivolto ai cittadini di abbandonare la città e di seguirlo nella sua campagna militare contro gli Oromo in Damot e Gojjam, come accaduto per gli imperatori precedenti, essi rifiutarono.[4] Gondar, come capitale, fu una mescolanza di diverse popolazioni, usi e costumi dell'Etiopia. Come dice Donald Levine, servì come vettore del veloce sviluppo della cultura amarica stessa. E quindi divenne il centro dell'orgoglio nazionale.

La città mantenne il ruolo di capitale dell'Etiopia fino al regno di Teodoro II che dopo la sua incoronazione, avvenuta nel 1855, spostò la capitale imperiale a Magdala. Gondar venne saccheggiata e data alle fiamme più volte: nel 1864, nel dicembre del 1866[5] e nel 1887 durante l'invasione dell'Etiopia da parte del sultano Abdallahi ibn Muhammad.

Nel corso della Guerra d'Etiopia Achille Starace, alla testa di una colonna motorizzata composta in prevalenza da Camicie nere, occupò la città il 1º aprile 1936.[6] Sotto l'occupazione italiana Gondar sperimentò un certo sviluppo urbanistico e fu dotata di un piano regolatore, opera di Gherardo Bosio.[7] Nel 1938, per iniziativa del governatore Mezzetti, il Genio militare iniziò a restaurare alcuni dei principali edifici storici della città, in particolare il Castello e i Bagni di Fasilide.[8] Durante la Seconda guerra mondiale, nel novembre 1941, le truppe italiane al comando del generale Guglielmo Nasi combatterono qui l'ultima Battaglia di Gondar. Durante la Guerra civile etiope le forze del Unione democratica etiope ottennero il controllo di larga parte della regione del Begemder e nel 1977 erano sul punto di conquistare la città.[9] Come parte della Operazione Tewodros, verso la fine della Guerra civile etiope, Gondar venne catturata dal Ethiopian People's Revolutionary Democratic Front nel marzo 1991.