Immediatamente dopo il suo ingresso vincitore in Egitto, Jawhar al-Ṣiqillī, il generale d'origine siciliana che in nome del quarto Imam[1] al-Muʿizz li-dīn Allāh aveva conquistato il Paese nel 969 strappandolo agli Ikhshididi, avviò la costruzione di una nuova capitale, identificando una parte fortificata e inaccessibile agli estranei alla Corte, cui dette il nome di al-Manṣūriyya, all'immediato nord di al-Fusṭāṭ, di al-'Askar e al-Qata'i'. Allorché al-Muʿizz si recò sul posto per visitare la sua nuova conquista, decise che la capitale si sarebbe chiamata it al-Madīnat al-qāhira al-muʿizziyya («la Città vittoriosa di al-Muʿizz»), o, più semplicemente, al-Qāhira («la vittoriosa»).

Quando Jawhar al-Ṣiqillī posò la prima pietra della nuova capitale, aveva già in mente di costruire una nuova moschea ove si sarebbe ricordata la gloria di al-Muʿizz. Dapprima essa ebbe il nome di Jāmiʿ al-Qāhira ("la moschea del Cairo"). La costruzione in origine comprendeva una corte circondata da tre corridoi, aveva un solo minareto e occupava la metà dello spazio esistente. In seguito ricevette il nome di «al-Azhar» per rendere omaggio a Fāṭima Ẓahrāʾ, la figlia di Maometto da cui la dinastia pretendeva di discendere. La moschea era situata poco a sud del Khan el-Khalili, nella Cairo islamica.

La costruzione cominciò il 4 aprile 970[2] e durò appena due anni. Dopo la sua costruzione al-Azhar fu direttamente finanziata dagli Imam fatimidi e divenne la mosche ufficiale per la preghiera del venerdì (jumūʿa). Gli abitanti di al-Fusṭāṭ o al-Qaṭāʾīʿ si recavano ogni venerdì verso al-Azhar per ascoltare il sermone (khuṭba) pronunziato dallo stesso Imam, e compiere la preghiera congregazionale. D'altra parte Egiziani abbienti partecipavano al suo finanziamento, legando all'edificio parte dei loro beni.

Una scuola fu aperta nei pressi della moschea nell'ottobre del 975,[3] poi nel 988 essa divenne un centro d'insegnamento superiore (Madrasa), dove s'insegnavano Fiqh, Sharīʿa e teologia. Nel 1005, sotto l'Imamato di al-Ḥākim bi-amr Allāh essa divenne una «Casa della Scienza» (دار العام, dār al-ʿilm), o una «Casa della sapienza» (دار الحكمة, dār al-ḥikma), fornita di una ricchissima biblioteca pubblica, ove l'alchimia, l'astronomia e la filosofia erano insegnate assieme ad altre discipline religiose, come lo studio delle tradizioni giuridiche e del Corano.[4] L’istruzione impartita ad al-Azhar includeva la giurisprudenza sciita-ismailita, la grammatica araba, la letteratura e ll storia. Essa divenne così il centro di diffusione della daʿwah (propaganda) sciita fatimide.

Alla fine del periodo fatimide, (XII secolo), la parte coperta della moschea fu ampliata. Fu aggiunto un corridoio su ogni lato della corte interna, le cui arcate poggiano su colonne marmoree.

Nel 1303, vari edifici furono completamente ricostruiti dopo le distruzioni causate da un terremoto.[5]