Il sūq risale al 1382, quando l'Emiro circasso Jarkaṣ al-Khalīlī fece costruire un ampio caravanserraglio (in arabo خان‎?, khān) al Cairo, che all'epoca era sotto la dominazione del Sultano mamelucco Barqūq, trasferendoci numerosi commercianti della città palestinese di Hebron (in arabo "Khalīl"). Da quel momento in poi il mercato mantenne sempre la sua denominazione di khān di Khalīlī o, altrettanto verosimilmente, khān dei mercanti di Khalīl.

Dal tempo di Barqūq - che regnò tra il 1382 e il 1399 come primo Sultano della dinastia dei Circassi (in arabo Jarkaṣ) - numerosi sono stati i restauri e gli ampliamenti di Khān el-Khalīlī, attuati all'interno delle mura erette dalla dinastia ismailita dei Fatimidi, che ha a nord la moschea di al-Ḥākim e a sud quella di al-Ḥusayn e di al-Azhar.
Quando Barqūq avviò i lavori di edificazione della madrasa che porta il suo nome, in Bayn el-Qaṣrayn (lett. "Fra i due palazzi"), fu necessario ricostruire altrove i mercati, con le loro botteghe e i loro magazzini, e Khān el-Khalīlī poté quindi seguitare a operare.[1]