La costruzione della moschea è considerata una delle tappe del processo di rinascita culturale e religiosa avvenuto nella moderna storia del Kazakistan in seguito alla dissoluzione dell'Unione Sovietica, che per decenni aveva applicato le proprie politiche repressive nei confronti della religione[1]. Il nome dell'edificio è traducibile in moschea del "Sultano Sacro" – epiteto riferito al poeta e mistico Khwaja Ahmad Yasavi vissuto nel XII secolo nel territorio dell'odierno Kazakistan[1] – e fu suggerito dall'allora presidente Nursultan Nazarbaev[2].

Il progetto venne affidato al capo progettista cittadino in carica, l'architetto locale Sagyndyk Žanbolatov autore di numerose altre opere nella metropoli[3][4], che redasse due progetti: uno in stile classico (quello effettivamente realizzato) ed uno in stile moderno[5]. Il compito della costruzione fu assegnato all'impresa edile turca Sembol İnşaat[6]. I lavori presero avvio nel 2009 – il 29 giugno si tenne la cerimonia per la posa di una capsula del tempo – e avrebbero dovuto concludersi a dicembre 2011, ma subirono dei ritardi che causarono lo slittamento del completamento dell'opera[7]. Il cantiere vide coinvolti contemporaneamente fino a 1 500 operai[8] ed il 15 gennaio 2012 venne interessato da un incendio, causato dall'utilizzo di un saldatore su del poliuretano[7], che provocò un morto tra i lavoratori[9].

L'inaugurazione dell'edificio avvenne il 6 luglio 2012, nel giorno del compleanno del presidente Nazarbaev[9], che durante la cerimonia presentò una copia del Corano in argento[2] destinata ad essere lì custodita[10]. La moschea era a quella data la seconda più grande dell'Asia centrale dopo la moschea Turkmenbashi Ruhy di Gypjak, in Turkmenistan[8]; venne successivamente superata per dimensione anche dalla moschea centrale Imam Sarakhsi di Biškek – in Kirghizistan[11] – e dalla moschea centrale di Dušanbe, in Tagikistan[12]. Nel 2022 venne superata per dimensioni da una nuova moschea construita nella stessa capitale kazaka[13].