Il monastero fu fondato intorno al 595 d.C. da Mar Elia, un monaco che aveva studiato in precedenza ad al-Hirah e successivamente nel grande monastero sul monte Izla nella moderna Turchia. Apparteneva alla Chiesa d'Oriente. Il monastero era il centro della comunità cristiana regionale e per secoli migliaia di cristiani avrebbero visitato il monastero per celebrare la festa di Mar Elia, che cade l'ultimo mercoledì di novembre.

Il santuario principale del monastero fu costruito nell'XI secolo e fu ristrutturato da Hurmizd Alqushnaya nel XVII secolo. Nel 1743, il leader persiano Tahmaz Nadir Shah danneggiò il monastero e uccise i 150 monaci che vi vivevano, dopo che si rifiutarono di convertirsi all'Islam. Il monastero rimase in rovina fino all'inizio del XX secolo, quando furono completati alcuni restauri su alcune sale e stanze. Durante la prima guerra mondiale, Dair Mar Elia era un luogo di rifugio che portò alla ricostruzione di una parte del sito. La struttura, insieme al vicino bacino idrico e alle sorgenti di acqua minerale naturale, furono curate dalla Chiesa cattolica caldea e i pellegrini cristiani continuarono a visitare le rovine. Negli anni '70, il monastero divenne una base per la Guardia repubblicana irachena.