L'inaugurazione venne tenuta dal Primo Ministro Tony Blair alle ore 20:00 GMT del 31 dicembre 1999, ma non venne aperta al pubblico fino a Marzo 2000 a causa di alcuni problemi tecnici. L'Eye viene fatta funzionare dalla Merlin Entertainments, era inizialmente sponsorizzata dalla British Airways e successivamente dalla EDF Energy e nel 2015 fu sponsorizzata dalla Coca-Cola.

Già dall'apertura ha rappresentato un punto di riferimento ed un'attrazione turistica. Fino a luglio 2002 circa 8,5 milioni di persone erano salite sull'Eye. Inizialmente l'autorizzazione era prevista per 5 anni, ma all'epoca il Lambeth Council concordò di rendere l'attrazione permanente.

Il 28 agosto 2003 David Blaine fece un giro completo di 30 minuti in piedi sopra una navicella per le prove come stuntman di Above the Below. In agosto 2007 il London Eye venne temporaneamente ribattezzato The McCartney Eye, in concomitanza con l'uscita del DVD intitolato "The McCartney Years".

Il cerchio del London Eye viene sostenuto da barre di collegamento che lo fanno sembrare una grande ruota di bicicletta: venne infatti rappresentato così in un poster pubblicitario di una gara di biciclette di beneficenza. L'illuminazione venne rifatta con luci LED colorate nel Dicembre del 2006 dalla Color Kinetics, per permettere il controllo digitale delle luci al posto della sostituzione manuale del gel sui tubi fluorescenti.

Inizialmente il Gruppo Tussauds, la British Airways e la famiglia di Marks Barfield (gli architetti principali) possedevano un terzo dell'Eye ciascuno. Il 25 maggio 2005 trapelò la notizia di una lettera con cui la South Bank Centre, proprietaria di parte del terreno ad ovest dei Jubilee Gardens, su cui la struttura dell'Eye è collocata, imponeva la chiusura dell'attrazione e richiedeva un aumento dell'affitto da £65,000 l'anno a £2.5 milioni, pretesa che venne respinta dagli operatori in quanto non affrontabile.[1]

Sempre il 25 maggio 2005, il sindaco di Londra Ken Livingstone promise che l'attrazione sarebbe rimasta a Londra e garantì che, nel caso in cui il conflitto non si fosse risolto, avrebbe utilizzato i suoi poteri per chiedere al London Development Agency di emettere un ordine di acquisto obbligatorio[2]. La terra in questione è una piccola parte dei Jubilee Gardens, che era stata data al South Bank Centre per £1 quando il Greater London Council venne sciolto.

Il giorno 8 febbraio 2006, dopo un'analisi giudiziaria sulla disputa per l'affitto, la South Bank Centre e la British Airways si accordarono per un contratto di locazione di 25 anni. L'accordo prevedeva che la South Bank Centre, un'organizzazione di beneficenza finanziata pubblicamente, avrebbe ricevuto almeno £500,000 all'anno per l'attrazione, la cui presenza risultò così assicurata per l'immediato futuro. Anche il Gruppo Tussauds annunciò l'acquisizione dei terzi dell'Eye di proprietà della British Airways e della famiglia Marks Barfield, insieme al debito con la BA. Questi accordi diedero a Tussauds il 100% di proprietà dell'Eye e risolsero il problema del debito originario con la British Airways per la costruzione.