Gli inizi

La storia dell'FC Sankt Pauli inizia nel 1899, come un gruppo informale di appassionati dell'Hamburg-St. Pauli Turn-Verein 1862. Il primo match giocato risale al 1907 contro l'Aegir, squadra composta all'interno di una società di nuotatori. La squadra fu comunque fondata ufficialmente solo il 15 maggio 1910, giocando con il nome St. Pauli TV nella Kreisliga Groß-Hamburg (Alsterkreis). La squadra inizialmente ottenne solo mediocri risultati; nel 1931 arrivò agli ottavi di finale del campionato tedesco settentrionale venendo però sconfitta dall'HSV. Del 1934 la prima apparizione nella Gauliga Nordmark, uno dei sedici gironi della prima divisione creati nella riorganizzazione del calcio tedesco avvenuta con l'avvento del Terzo Reich. Il Sankt Pauli fu immediatamente retrocesso, ma tornò nella serie superiore nel 1936; retrocessi nuovamente nel 1940 e ripromossi nel 1942 vi restarono fino al termine della seconda guerra mondiale.

Il dopoguerra

Nel dopoguerra il St. Pauli ricominciò a giocare nel 1947 in Oberliga Nord. Un secondo posto finale nella stagione 1947-48 consentì alla squadra di qualificarsi per la prima volta ai turni finali del campionato, che comprendevano le migliori squadre provenienti da tutta la Germania Ovest. Avanzò fino alle semifinali dove fu eliminata dai futuri campioni del Norimberga (2-3). Il club continuò a giocare ad ottimi livelli per tutti gli anni cinquanta, ma non è mai riuscito ad avere la meglio sugli acerrimi rivali dell'Amburgo giungendo secondo cinque volte su sette edizioni dell'Oberliga Nord ed eliminato sempre ai primi turni delle eliminatorie nazionali dal 1949 al 1951. Dalla seconda metà degli anni cinquanta fino agli inizi degli anni sessanta il St. Pauli è stato surclassato anche da Werder Brema e da Vfl Osnabruck e sempre in quel periodo non riuscì ad andare oltre il quarto posto nei gironi regionali.

La lotta per la promozione in Bundesliga  Grafico dei piazzamenti storici dal 1965

Nel 1963 fu costituita la Bundesliga, la massima serie del campionato tedesco. Amburgo, Werder Brema ed Eintracht Braunschweig furono le squadre inserite in Bundesliga per quanto riguarda l'Oberliga nord, in quanto queste ultime avevano conseguito migliori risultati rispetto alle altre del girone negli anni precedenti. Il St. Pauli fu inserito invece in Regionalliga Nord, l'allora secondo livello del calcio tedesco.

Il club vinse la seconda divisione nel 1964, ma arrivò ultimo nei play-off. Vinse di nuovo la Regionalliga nel 1966, ma fallì la promozione a vantaggio del Rot-Weiss Essen per differenza reti. Negli anni a seguire la squadra conquistò la divisione nel 1971 e nel 1974 e il secondo posto nel 1972 e nel 1973 ma in ogni occasione fallì miseramente ai play-off.

Il successo della Bundesliga e la crescita del calcio professionistico in Germania indussero la federcalcio tedesca a creare la Zweite Bundesliga, che diventò il secondo livello del calcio nazionale a sua volta diviso in due gironi; il St. Pauli di conseguenza fu inserito nel girone nord (Zweite Bundesliga Nord) e nel 1977, forte del primo posto finale del girone riuscì nella storica impresa di conquistare la massima serie. La gioia della promozione durò poco: dopo solo un anno la squadra, infatti, retrocesse.

Il ritorno nella serie cadetta durò poco: nel 1979, sull'orlo della bancarotta, il club fu privato della licenza professionista e fu relegato in Oberliga Nord. Le buone prestazioni offerte tra il 1981 e il 1983 non furono sufficienti a far fronte all'emergenza finanziaria. Ma, nel 1984, la squadra riuscì nell'exploit di farsi promuovere in seconda divisione, malgrado l'esser giunta seconda a due lunghezze dalla squadra riserve del Werder Brema (fu promosso il St. Pauli in quanto le squadre riserve non potevano, e non possono tuttora, essere promosse in seconda divisione).

St. Pauli e il fenomeno "Kult"

Nella metà degli anni ottanta il St. Pauli compì una svolta che le fece cambiare completamente immagine: passò infatti da squadra tradizionale a vero e proprio fenomeno di culto. Il motivo è da ricercarsi nell'ubicazione dello stadio: la società trasferì la sede dello stadio nella zona del porto del quartiere vicino a Reeperbahn, il quartiere a luci rosse centro della vita notturna. I tifosi adottarono come stemma non ufficiale il Jolly Roger, il teschio con le ossa incrociate; la società fu anche la prima in Germania a bandire l'ingresso nel proprio stadio a tifosi di estrema destra. Grazie a queste decisioni, il club passò da una media spettatori di 1.600 persone (1981) ad una di 20.000 persone (fine anni novanta).

Per quanto riguarda i risultati, il St. Pauli ritornò in Bundesliga nel 1988 per restarci tre anni, e nel 1995 per due stagioni; la squadra passò i campionati restanti sempre in Zweite Bundesliga. I sostenitori del FC St. Pauli si riuniscono in numerosi fan club sparsi non solo in Germania, ma in tutti i continenti. Molto attiva è la tifoseria organizzata, nella quale spicca il gruppo 18auf12.

Anni 2000 e 2010

Dopo una fugace apparizione del club nella massima serie, risalente al 2001-2002, la società arrivò ad un passo dalla bancarotta, tanto da intraprendere un'attività di raccolta fondi, la cosiddetta Retteraktion. Si cominciarono a stampare T-shirt con lo stemma del club e circondato dalla parola Retter (soccorritore/salvatore): più di 140.000 di queste furono vendute in 6 settimane. Fu organizzata anche un'amichevole con il Bayern Monaco sempre per cercare di rimpinguare le casse del club. Tuttavia i risultati sul campo portarono ad un'ulteriore retrocessione nella Regionalliga Nord.

Nel 2005 il St. Pauli cominciò anche a organizzare opere di beneficenza verso terzi; la squadra e i tifosi crearono l'iniziativa viva con agua de sankt pauli, una raccolta fondi per l'acquisto di distributori d'acqua per le scuole di Cuba.

Durante la stagione 2005-2006 la squadra si rese protagonista di una cavalcata senza precedenti in Coppa di Germania, vincendo contro Wacker Burghausen, Bochum, e soprattutto battendo squadre di massima serie come Hertha Berlino e, nei quarti di finale, Werder Brema. La vittoria per 3-1 al Millerntor-Stadion (tutto esaurito) qualificò il team in semifinale e il passaggio di turno fece guadagnare alla squadra 1 milione di euro in diritti televisivi e sponsor allontanando i problemi finanziari. Il St. Pauli uscì dalla competizione in semifinale il 12 aprile, battuto dal Bayern Monaco con un gol di Owen Hargreaves e due di Claudio Pizarro.

Nella stagione 2006-2007 la squadra amburghese conquistò la promozione in Zweite Bundesliga con una giornata di anticipo, il 25 maggio 2007, grazie al pareggio casalingo con la Dinamo Dresda (2-2).

Il ritorno in Bundesliga e la repentina retrocessione in Zweite Liga

Con il piazzamento al secondo posto nella stagione 2009-2010 della seconda divisione, la squadra ha ottenuto la promozione alla Bundesliga a partire dalla stagione 2010-2011.

La stagione in Bundesliga inizia bene, con il St. Pauli che chiude il girone d'andata a metà classifica. Il 16 febbraio 2011 il St. Pauli vince per la seconda volta nella sua storia il derby cittadino in campo avverso contro l'Amburgo con goal di Gerald Asamoah. Dopo quella vittoria però, la squadra inanella una serie di 7 sconfitte consecutive[1] e conquista complessivamente 1 solo punto (frutto del 2-2 maturato nello scontro diretto per la salvezza in casa del VfL Wolfsburg[1]) in undici gare.

Questi risultati fanno piombare il St. Pauli dal centro-classifica all'ultimo posto della graduatoria e culminano, il 7 maggio 2011, con la retrocessione matematica in Zweite Bundesliga, sancita dalla pesante sconfitta casalinga per 1-8 subita alla penultima giornata per mano del Bayern Monaco[1][2] (per i bavaresi, si è trattato della più larga vittoria mai ottenuta nella loro storia in una gara in trasferta in Bundesliga[2]). Il St. Pauli chiude quindi il proprio campionato con l'undicesima sconfitta[2] (1-2 sul campo del Magonza[2]) nelle ultime dodici gare di campionato[2], la ventunesima in totale[2], terminando la stagione all'ultimo posto con 29 punti[3].

Nella stagione 2011-2012 il St. Pauli dopo un buon avvio fallisce l'obbiettivo promozione, arrivando quarto in classifica, a pari punti col Fortuna Dusseldorf ma con una peggiore differenza reti, mancando dunque la possibilità dello spareggio.

Nella stagione 2012-2013 le cose si mettono male per il St. Pauli che nelle prime otto gare ottiene una sola vittoria e 4 sconfitte. Il tecnico Schubert viene esonerato e al suo posto subentra Michael Frontzeck. La squadra tuttavia riesce a reagire e, grazie ad una serie di buone prestazioni, ad allontanarsi quantomeno dai bassifondi della classifica.

Nella stagione 2014-2015 il St. Pauli nelle prime quattro gare ottiene solo 4 punti: conseguentemente, il tecnico Vrabec viene esonerato e al suo posto subentra Thomas Meggle, già allenatore della U23.[4]

Il 10 marzo 2019 il club subì un pesante 4-0 casalingo dai rivali concittadini dell'Amburgo, sconfitta nel derby che non si registrava dal 2002, quando si incontrarono in massima serie.

Il 18 gennaio 2022, agli ottavi di DFB Pokal, battono 2-1 il Borussia Dortmund secondo in classifica in Bundesliga, accedendo ai quarti.