Epidauro era indipendente da Argo e non era inclusa nell'Argolide fino al tempo dei Romani. Con il suo territorio, formò la piccola area chiamata Epidauria. Conosciuta per essere stata fondata o nominata come l'Epidauro Argolide, e per essere il luogo di nascita del figlio di Apollo Asclepio il guaritore. Epidauro era nota per il suo santuario situato a circa 8 km dalla città, così come il suo teatro, che è ancora in uso oggi. Il culto di Esculapio a Epidauro è attestato nel VI secolo a.C., quando il santuario più antico di Apollo Maleatas non era più abbastanza spazioso.

L'asclepeion di Epidauro era il centro di guarigione più celebrato del mondo classico, il luogo in cui i malati andavano nella speranza di essere curati. Per scoprire la cura giusta per i loro malanni, trascorrevano una notte nell'enkoimeteria, una grande camera da letto. Nei loro sogni, il dio stesso avrebbe consigliato cosa avrebbero dovuto fare per riguadagnare la loro salute. All'interno del santuario c'era un edificio per i pellegrini con 160 camere. C'erano anche sorgenti minerali nelle vicinanze, che potevano essere state utilizzate per la guarigione.

Asclepio, il più importante dio guaritore dell'antichità, portò prosperità al santuario, per cui nel IV e III secolo a.C. si intraprese un ambizioso programma di costruzione per l'ampliamento e la ricostruzione degli edifici monumentali. La fama e la prosperità continuarono per tutto il periodo ellenistico. Dopo la distruzione di Corinto nel 146 a.C. Lucio Mummio visitò il santuario e vi lasciò due dediche. Nell'87 a.C. il santuario fu saccheggiato dal generale romano Silla. Nel 74 a.C. una guarnigione romana sotto Marco Antonio Cretico era stata installata nella città causando una mancanza di grano. Tuttavia, prima del 67 a.C. il santuario fu saccheggiato dai pirati. Nel II secolo d.C. il santuario godette di una nuova ascesa sotto i Romani, ma nel 395 i Goti fecero irruzione.

Anche dopo l'introduzione del cristianesimo e il silenzio degli oracoli, il santuario di Epidauro era ancora conosciuto fino alla metà del V secolo, sebbene fosse diventato un centro di guarigione cristiano.

A seguito della riforma amministrativa detta Programma Callicrate in vigore dal gennaio 2011[1] che ha abolito le prefetture e accorpato numerosi comuni, la superficie del comune è ora di 340 km² e la popolazione è passata da 4.471[2] a 8.710 abitanti

È inserita dal 1988 nell'elenco dei patrimoni dell'umanità dell'UNESCO.